Bâtie originellement vers le début du XI siècle, l'église Saint-Maclou était, selon la tradition mantaise, l'Hôtel Dieu de la ville. Brûlée par Guillaume le Conquérant en 1087 avec tout le reste de la ville, elle fut rebâtie à proximité vers la fin du XI siècle ou le début du XII siècle.
Au cours de la première moitié du XVI siècle, de nombreux travaux furent entrepris, et le chœur fut refait, et la tour construite.
Malheureusement, l'argent était très mal géré dans cette paroisse déjà pauvre, et l'entretien de l'église fut négligé. Le chœur menaçait ruine dès la moitié du XVII siècle après des signes avant coureurs à la fin du XVI siècle, et s'effondra finalement en 1693, au grand émoi de la population mantaise. Il fallut plusieurs années pour le rebâtir, à cause du manque de fonds, mais un don privé permit de réaliser les travaux.
En 1715 fut redessinée la carte des paroisses entre Saint-Maclou et Sainte-Croix (Notre Dame) : la division ne se ferait désormais plus par statut social, mais géographiquement. Au XVIII siècle, l'église était dans un état pitoyable, la pluie tombait à l'intérieur, mais elle n'était toujours pas entretenue correctement.
Arriva la Révolution française et la paroisse fut supprimée en 1791 : le peuple irait désormais uniquement à Notre-Dame, l'unique paroisse de la ville. L'église fut donc désaffectée. En l'an III, le conventionnel Joseph Augustin Crassous autorisa la ville à y établir le temple de la Raison et, afin de financer les travaux à effectuer, vendre les matériaux issus de la démolition du chœur et de la tour. Si le chœur fut effectivement démoli, la tour, dont la démolition était déjà programmée, ne fut sauvée qu'in extremis grâce à l'action de la Commission des arts. L'église fut à nouveau fermée et ne servit jamais de temple.
Elle fut vendue à des particuliers en l'an VI. En 1806, alors que l'on ne savait plus à quel usage vouer l'édifice, les murs de la nef commencèrent à s'effondrer, aussi les propriétaires reçurent l'ordre de démolir tous les murs jusqu'à trois mètres au-dessus du sol, ne laissant que la tour et un bout de la façade en élévation.
Entre 1810 et 1828 eurent lieu d'innombrables tractations car la municipalité souhaitait acquérir l'emplacement de l'église pour élargir la rue qui la longeait malgré le refus du propriétaire. Cette opération devait permettre de relier les deux marchés principaux et d'embellir le quartier. Finalement, elle obtint gain de cause pour utilité publique et fit raser les derniers murs en 1828.
De nombreuses restaurations de la tour furent effectués dès la seconde moitié du XIX siècle, allant s'accélérant jusqu'au début du XX siècle. Elle fut ébranlée par les bombardements de 1944 et nécessita de nombreuses restaurations jusque dans les années 1980 avant d'être considérée comme restaurée, époque à laquelle elle fut nettoyée de la pellicule de pollution qui la couvrait.
