Quarante-huit heures après la contamination, survient un épisode de diarrhée transitoire. Cet épisode dure une dizaine de jours (8 à 15), et correspond à la période d'incubation, pendant laquelle il y a multiplication des salmonelles dans les ganglions mésentériques; il précède la phase de dissémination du germe dans le sang (septicémie).
Au début de la phase septicémique, on observe des troubles mineurs:
- maux de tête (sans raideur de la nuque,);
- insomnie, fatigabilité (asthénie);
- une fièvre atteignant un plateau à 40 °C, sans accélération du pouls: on parle d'une dissociation pouls-température;
- une rate grossie (splénomégalie);
- de possibles saignements de nez (épistaxis), une langue blanchâtre (dite saburrale);
- douleurs abdominales, diarrhée ou constipation, abdomen augmenté de volume et tendu météorisme.
Le malade est prostré, la prostration pouvant aller jusqu'à la torpeur, le délire, et à des signes digestifs intenses (diarrhées). C’est la destruction des salmonelles qui, libérant une substance toxique, l'endotoxine, provoque des ulcérations responsables d'hémorragies et de perforations digestives. Cette phase est responsable des complications qui peuvent entraîner le décès dans 30 % des cas en l'absence de traitement.