La formation de bancs de sable est signalée à cet endroit dès le XVI siècle. Cependant, ce n'est qu'au XVIII siècle que les premières cartes marines signalent un archipel de trois îles au large des côtes médocaines. Tout comme les autres îles de l'estuaire de la Gironde, elles sont la conséquence de l'accumulation d'alluvions d'origine fluviatiles et de sables marins déposés par les marées.
L'île Verte devient la propriété du Baron de Ferussac en 1797, lequel s'en sert pour le pacage des bovins. En 1820, on commence à y cultiver du froment. Un peu moins de dix ans plus tard, on y mentionne des vergers constitués de pruniers, de pommiers et de pruniers.
En 1841, 17 personnes habitent l'île Verte.
Dès la fin du XIX siècle, alors que les habitants permanents - appelés localement les « îlouts » - deviennent de plus en plus nombreux sur les trois îles, les premiers arpents de vigne sont plantés. La production de ces îles acquiert une certaine notoriété : elle est commercialisée sous le nom de Château-Valrose et est classée parmi les Bordeaux supérieurs. Au début du XX siècle, alors que la population continue à croître, on relève jusqu'à 200 hectares de vignes sur les trois îles et presque 500 habitants permanents. Celles-ci sont divisées en domaines privés, les propriétaires étant représentés par des régisseurs. Plusieurs villages sont édifiés, dont le plus important, sur l'île Verte.
Dans le même temps, des digues crées par l'homme permettent d'accroître la surface de terres cultivables, provoquant la réunion des trois îles en une seule entité. On tente de diversifier les cultures, notamment en plantant des céréales. Dans la seconde moitié du XX siècle, la surface dévolue aux vignobles est réduite, la culture du maïs devenant prépondérante. L'île bénéficie d'une politique de modernisation : des puits artésiens succèdent aux citernes, tandis qu'un câble électrique sous-marin permet d'alimenter les différents villages.
Cependant, la crise économique pousse au départ de plus en plus d'habitants. En 1977, la fermeture de l'école de l'île Verte provoque l'abandon définitif du village.
