La dénomination officielle de l’archipel est aujourd’hui « Territoire des îles Cocos » (Territory of Cocos Islands). On l’appelle également Keeling Islands en souvenir de William Keeling de la Compagnie de l’Inde orientale (East India Company), qui visita les îles en 1609. Le nom de « Keeling », généralement placé entre parenthèses, sert à distinguer cet archipel des autres îles Cocos existant ailleurs dans le monde.
En 1825, le capitaine John Clunies-Ross aborda les îles Direction et Horsburgh et y planta des céréales. L’année suivante, il s’y installa avec un équipage de marins malais embarqués à Sumatra et des femmes de diverses nationalités. John Clunies-Ross et sa famille devinrent les « rois des Cocos » qu’ils dirigèrent durant plus de cent cinquante ans.
Entre-temps, le gouvernement de la Grande-Bretagne avait annexé l’archipel au Royaume-Uni en 1857, ce qui n’empêcha pas la reine Victoria en 1886 d’accorder des privilèges exclusifs à la famille de John Clunies-Ross. Les travailleurs indonésiens amenés par la famille Clunies-Ross furent principalement employés autant pour le traitement du coprah (la chair desséchée de la noix de coco) que pour servir la famille de Clunies-Ross.
Lors de la Seconde Guerre mondiale, la présence d’une garnison de près de 3 000 soldats britanniques donna l’occasion aux Malais de s’ouvrir vers le monde extérieur. Ce fut la période où la population des îles fut la plus importante.
Les îles Cocos passèrent en 1955 sous contrôle australien ; la Cocos (Keeling) Islands Act de 1955, modifiée ultérieurement jusqu’en 1979, demeura le fondement des systèmes administratif, législatif et judiciaire de l’archipel. Au cours des années soixante-dix, près de la moitié des insulaires quittèrent l’archipel pour l’Australie.
La famille Clunies-Ross fut l’unique propriétaire des îles de 1886 à 1978, date à laquelle le gouvernement australien acheta les terres et les donna aux habitants. L’ordonnance sur le gouvernement local de 1979 permit la mise en place, dès le 25 juillet 1979, du premier Conseil consultatif intérimaire élu. Ce ne fut qu’en 1984 que les insulaires votèrent pour être intégrés en tant que territoire extérieur australien.