Les Junkers Ju 52 accomplissent leurs premières missions militaires pendant la Guerre d'Espagne, au sein de la Légion Condor. Ils sont alors utilisés à la fois comme avions de transport et comme bombardiers. Ils jouent ensuite un rôle décisif lors des opérations aéroportées du début de la Seconde Guerre mondiale dans le Benelux en 1940 et contre la Crète en 1941, même si les pertes deviennent vite importantes.
Les Toucan français ont été utilisés comme avions de transport de troupe et pour le parachutage pendant la Guerre d'Indochine, au début des années 1950. Moins rapide et moins confortable que le C-47 américain également employé par l'armée de l'air, il avait un décollage plus court et un train fixe plus solide que celui (escamotable) du Dakota.
Les Junkers Ju 52 furent utilisés durant la Guerre d'Algérie de 1956 à 1960 dans les deux "Groupes sahariens de reconnaissance et d'appui" n° 76 et 78. Ils permirent d'effectuer de très nombreuses missions de reconnaissance, de transport, de recherches SATER et d'évacuations sanitaires. Ils assurèrent des détachements à Gabès, Télergma, Biskra, Rémada, Touggourt, El Goléa, Ft Flatters, Polignac, Edjeleh, Tindouf, Adrar. Des missions furent régulièrement réalisées à Tamanrasset, In Eker, In Salah, Bir Djedid etc. Ils furent ensuite cédés au Portugal.
