La formation des kinésiologues en France est assurée par des représentants francophones des créateurs anglophones (pour la plupart) des systèmes ; elle n'est pas reconnue par l'État. Les élèves kinésiologues sont souvent issus de tous horizons, et pas forcément des praticiens de santé diplômés à l'origine. Selon ses détracteurs, cette profession s'organise, du moins en France, en fédérations qui définissent le cadre technique et déontologique de l'exercice du métier de kinésiologue, faute de ne pouvoir contrôler la qualité des formations.
Ces 'principes et croyances' sont une sémantique très particulière pour désigner ce qu'on qualifie dans le langage courant de 'protocole médical' et 'théorie scientifique'. La kinésiologie serait en fait basée selon ces détracteurs sur des amalgames et des inexactitudes du point de vue physiologique, neurologique et pratique.
Selon Jean-Claude Guyard, fondateur de l'EKMA (École de Kinésiologie et Méthodes Associées), la kinésiologie n'est pas une méthode de soin mais une méthode de développement personnel non religieuse. Cette dernière précision fait suite à des accusations de dérives sectaires. Il déclare notamment « on ne se dit pas thérapeuthes et on ne s'est jamais dit thérapeuthes ». Selon lui les techniques se fondent toutefois sur la chiropratique et l'acupuncture.
Selon leurs détracteurs, les kinésiologies sont des systèmes (approches, concepts, techniques) qui expliquent, intégrent et reformulent de multiples sous-ensembles pré-existants : depuis des éléments de médecine chinoise jusqu'à des apports ponctuels de psychologie, de neurosciences, etc. Certaines kinésiologies sont liées aux techniques de "développement personnel" et de "coaching".
En 2005, en France, un tribunal a condamné à cinq ans de prisons un couple de kinésiologues végétaliens pour avoir laissé un de leurs enfants mourir de faim. Leur médecin généraliste, qui est aussi homéopathe, les aurait informés que leur enfant allait mourir s'il n'était pas hospitalisé vu son état. Les parents semblaient choqués et rétorquèrent qu'ils étaient venus le voir que pour l'homéopathie. Jean-Claude Guyard, fondateur de l'École de Kinésiologie et Méthodes Associées, émet l'hypothèse d'une maladie congénitale qui expliquerait sa mort de faim. Mais les experts l'imputent au régime alimentaire de sa mère ne comportant aucune protéine animale ni supplément vitaminique, l'enfant était uniquement allaité..
L’Association des Allergologues et Immunologues du Québec (AAIQ), a publié sur son site une étude : "Kinésiologie appliquée : tests musculaires pour allergies et déficiences nutritionnelles" visant à démontrer la validité de certains présupposés de la kinésiologie qui énoncent qu’en mâchant certains aliments on peut déterminer s’ils sont bénéfiques ou néfastes (allergènes) pour l’organisme à l’aide du test musculaire.
Une série de tests a donc été menée, en voici la conclusion :
"Les concepts de la kinésiologie appliquée ne sont pas conformes aux réalités scientifiques reliées aux causes ou traitements des maladies. Des études contrôlées n’ont pas démontré de différences entre les résultats avec les substances évaluées et avec les placebos. Des différences d’un test à l’autre peuvent être dues à la suggestion, la distraction, les variations dans le degré de force ou angle de l’application et/ou la fatigue musculaire.Si vous rencontrez un pratiquant qui dépend sur l'évaluation musculaire KA pour un diagnostic, partez le plus vite possible."
La kinésiologie est citée comme un « organismes à caractère sectaire » par le rapport 2001 de la MILS.