La compagnie a été créé en décembre 2002, suite à la faillite d'Alliance Express (filiale du groupe sud Africain Alliance Air). Elle est possédée à 77 % par le gouvernement rwandais et à 23 % par sa filiale cargo, Silverback Freighters.
En avril 2003, Rwandair Express lance ses premiers vols vers Bujumbura, Entebbe, Nairobi et Johannesburg. Une ligne vers Dubai fut à l'étude, mais elle n'a jamais vu le jour.
En 2005, le gouvernement rwandais annonce son intention de privatiser Rwandair Express. Au terme de l'appel d'offres, Brussels Airlines et Meridiana sont les deux compagnies retenues.
À ce jour, la compagnie n'a toujours pas été privatisée, à cause d'un désaccord au niveau de la flotte. Brussels Airlines voudrait utiliser des BAE-146, inadaptés aux conditions climatiques selon le gouvernement rwandais. Meridiana voudrait quant à elle exploiter des MD-87, qui consommeraient beaucoup de kérosène et couteraient cher à l'entretien. Rwandair Express souhaiteraient utiliser des avions plus modernes, de type B737 Next Generation.