La création de l'Université de Bratislava, décidée le 27 juin 1919 par l'Assemblée nationale tchécoslovaque, est effective le 11 juillet 1919.
Les cours y étaient donnés en langues slovaque et tchèque. Les facultés de médecine et de théologie (catholique et protestante) ont été fondées dès le 31 juillet 1919. Les premiers enseignants étaient des professeurs tchèques, dont la majorité ne sont venus en Slovaquie que pour une période limitée.
Elle a reçu le nom d’Université Comenius à compter du 11 novembre 1919.
Les facultés de droits et de lettres ont commencé à fonctionner en 1921.
Durant la période de l’État slovaque autonome (la 1 « république slovaque » de 1938 à 1945), l’université porte de nom d’université slovaque avant de redevenir Université Coménius en 1954.
La faculté des sciences est créée le 4 janvier 1947, la faculté de pédagogie en 1946, la faculté de pharmacie en 1952. La faculté d’éducation physique et du sport est créée en 1960. En 1964, une antenne est ouverte à Trnava, en 1969, une faculté de médecine à Martin. Une faculté autonome de mathématiques et physique est ouverte en 1980.
Après la fin du système communiste sont créées les facultés de management (1991) et de sciences sociales et économiques (2002)