La communauté trappiste de Tre Fontane est bien vivante même si les vocations se font rares. Les jeunes moines trappistes venus à Rome pour études y résident parfois. L’urbanisation grandissante de la région, avec l’attraction que constitue le nouveau quartier de E.U.R. très proche, (construit à partir de 1935) menace la paix des moines.
Après la restauration du pouvoir papal dans les États pontificaux, Léon XII fait une visite à Tre Fontane (1826) ; il est consterné à la vue de la désolation des lieux. Il s’empresse de demander aux cisterciens que l’abbaye soit confiée aux frères mineurs, pour qu’une communauté y reprenne vie et que culte et liturgie y soient rétablis. L’insalubrité des lieux ne permet qu’une réouverture partielle du complexe monastique. Les frères n’y viennent que durant la journée.
En 1855, Pie IX s’adresse au procureur général des trappistes, de passage à Rome, lui demandant que l’ordre prenne à coeur la renaissance de l’abbaye. Un projet est mis en route, mais son coût prohibitif en empêche la réalisation.
1867 est une année jubilaire : 1800e anniversaire du martyre des saints Pierre et Paul. Elle permet la reprise du projet grâce au généreux soutien d’un mécène français, le comte de Maumigny. Par la bulle du 21 avril 1868, Pie IX reconstitue la communauté monastique qui - la bulle le spécifie - sera faite d’au moins 14 religieux. L’abbaye passe aux cisterciens-trappistes. De la Grande Trappe des moines sont envoyés : c’est la renaissance de Tre Fontane.
Les trappistes sont fidèles à leur réputation : de grand travaux sont entrepris. Non seulement le rétablissement des bâtiments monastiques mais également la construction d’un système de drainage des eaux stagnantes. La lutte contre le paludisme est menée avec la plantation d’eucalyptus et d’autres plantes choisies pour assainir l’air ambiant.
En 1870, après la chute du pouvoir pontifical, les moines obtiennent par bail emphytéotique avec le nouvel État italien l’usufruit d’un domaine de 450 hectares, pourvu qu’ils y continuent les travaux d’assèchement des marais. Ce n’est que dans les premières années du XXe siècle que le paludisme est définitivement vaincu à Tre Fontane.