Un usage répété du même médicament peut conduire à l'apparition de souches résistantes aux anthelminthiques.
Ces produits doivent être utilisés avec précaution et aux justes dosages, en raison de leur toxicité et écotoxicité.
Certaines molécules sont rapidement dégradables, d'autres laissent des toxiques dans leurs produits de décomposition (Composés organoarsenicaux notamment)