Insectes, crustacés et zooplancton.
Le corégone est réputé sensible à la pollution et surtout à l'eutrophisation. Pour cette raison, comme la truite sauvage et le saumon sauvage naturellement présents, il est considéré comme un bon bioindicateur de l'état des écosystèmes aquatiques, cependant comme pour les truites et les saumons, les introductions ou réintroductions parfois "sauvages" ont modifié la génétique des populations et n'en facilitent pas le suivi. Ces poissons sont supposés préférer des lacs d'au moins 10 km² de surface, exempt d'eutrophisation et aux eaux plutôt froides et oxygénées : l'exemple d'introductions réussies dans presque tous les lacs du Jura français et du Massif central, au début du xxe siècle, a prouvé que ce poisson qu'on croyait fragile était finalement assez rustique pour s'adapter à une grande diversité d'habitats. Dans le Lac de Thoune, en Suisse, 40 % des corégones présentaient dans les années 2000 des anomalies de conformation des organes sexuels, peut être en raison de la présence de milliers de tonnes de munitions immergées par l'armée dans le lac. Une étude tente de déterminer l'origine de ces anomalies et de vérifier si des munitions ont commencé à libérer des toxiques dans le lac.
Les corégones du lac du Bourget semble moins perturbés génétiquement que ceux d'Annecy, Issarlès, Léman, Saint-Point, Constance, Neuchâtel (VUORINEN et al., 1986), mais les introduction sauvages de corégones non locales sont une menace persistante pour les espèces autochtones. C. peled (palée suisse de Neuchâtel) introduite dans les années 1950-1960 a ainsi modifié par hybridation le patrimoine génétique de C. lavaretus dans les lacs Léman et Bourget. Depuis peu, les relâchers faits au Léman et au Bourget ne sont théoriquement faits qu'à partir de juvéniles issus de parents capturés dans ce même lac.
Les corégones comme les salmonidés font l'objet d'un suivi avec un renforcement des effectifs au Léman par alevins artificiellement élevés. Le lac du Bourget fait l'objet d'une gestion restauratoire d'un pool autochtone. Divers "stocks" sont entretenus en ballastières alors que le lac d'Annecy, plus oligotrophe reste un lieu de référence sans alevinage.
Comme pour d'autres salmonidés, dont au lac d'Aiguebelette, le pacage lacustre est testé.
Les spécimens les plus vieux qui ont été observés étaient âgées de 10 ans.
Chair blanche non grasse et réputée délicate. Elle se défait en gros flocons.