La Maîtrise de l'Académie Vocale de Paris chante une Audition publique tous les samedis en temps scolaire à 17h45, suivi de la Messe à 18h30. La qualité de la Maîtrise, dirigée par Iain Simcock, est reconnu à l'échelle internationale comme étant un des meilleurs ensembles vocaux en France aujourd'hui. Elle apporte la richesse de sept siècles de grande musique sacrée à Saint-Merri, en suivant de près la dynamique de l'année liturgique. avec un répertoire exceptionnellement vaste.
Au-delà de son rayonnement spirituel, Saint-Merri possède une formidable vie artistique parisienne. L'église accueille régulièrement des concerts, des représentations théâtrales. Elle organise également des expositions. C'est aussi une église « remuante ». La paroisse reçoit des groupes de sans papiers autour de l'association le Réseau chrétien immigrés, est en lien avec l’association SNC (Solidarités nouvelles face au chômage), l'association des chrétiens homosexuels David et Jonathan. Elle propose de louer ou de financer des logements à des personnes en situation de grande précarité, est engagé dans des projets de développement de pays du Sud.
Datant du XVIe siècle, le presbytère de Saint-Merri fut remanié en 1731 par Jean-François Blondel et communique avec le ras du transept. Sa porte est flanquée de pilastres cannelés qui soutiennent une corniche sur laquelle repose deux pots à feu entourés de guirlandes. Une fenêtre cintrée s'ouvre entre eux, ornée de deux angelots assis sur l'archivolte.