C'est dans un document datant de 1254 que la chorale Saint-Thomas (en allemand, le Thomanerchor) a été mentionnée pour la première fois. Mais on peut supposer que la chorale a été créée avec le monastère. la chorale qui était composée du temps de Bach de 54 chanteurs en compte aujourd'hui 100. Sa mission principale est la perpétuation de l'œuvre de Bach par des interventions hebdomadaires à l'occasion des motets et cantates, et par une interprétation annuelle de l'oratorio de Noël et de l'une des deux passions (selon Saint-Mathieu ou selon Saint-Jean).
Jean-Sébastien a été chef de chœur (Kantor) à l'église Saint-Thomas de 1723 jusqu'à sa mort le 28 juillet 1750.