Excavata (classification phylogénétique) - Définition

En savoir plus

Sources bibliographiques de référence

• Vladimir Hampl, Laura Hug, Jessica W. Leigh, Joel B. Dacks, B. Franz Lang, Alastair G.B. Simpson et Andrew J. Roger, « Phylogenomic analyses support the monophyly of Excavata and resolve relationships among eukaryotic “supergroups” », PNAS, vol. 106, n° 10, 2009, pp. 3859-3864
• Kevin J. Carpenter et Patrick J. Keeling : « Morphology and Phylogenetic Position of Eucomonympha imla (Parabasalia: Hypermastigida) », J. Eukaryot. Microbiol., vol.54, n°4, 2007, pp. 325–332
• Susana A. Breglia, Claudio H. Slamovits et Brian S. Leander, « Phylogeny of phagotrophic euglenids (Euglenozoa) as inferred from hsp90 gene sequences », J. Eukaryot. Microbiol., vol. 52, 2007, pp. 86-94

Autres sources bibliographiques

Sources internet

• The Taxonomicon
• Palaeos.org
• Micro*scope
• NCBI Taxonomy Browser
• The Tree of Life Web Project

Liens internes

• Arbre phylogénétique
• Eukaryota (classification phylogénétique)
• Excavata -- Euglène -- Leishmaniose
• Orientation bibliographique en microbiologie

Débat scientifique relatif à la phylogénie des Excavata

Le principal lieu de débat ici est sans doute la place des êtres eucaryotes sans mitochondrie : Métamonadines et autres Parabasaliens. Les analyses cladistiques les donnent souvent comme situés à la base de l'arbre des Eucaryotes, apparus avant l'endosymbiose qui donna naissance aux mitochondries. Mais il semble bien que le génome de ces protistes garde la trace de cette endosymbiose : la mitochondrie aurait été perdue par la suite. C'est la leçon retenue par nos cladogrammes ci-dessus.

Par ailleurs, dans le cadre de la remise en question de l'endosymbiose des chloroplastes (voir la discussion pour les Archéplastides, et aussi sur la page des Eucaryotes), certains rapprochent les Euglènes des plantes et / ou des Chromo-alvéolés.

Pour la phylogénie des Parabasaliens, on a suivi Carpenter et Keeling, pour lesquels les Monocercomonadines sont le grade ancestral de tous les Parabasaliens, et les Hypermastigines sont polyphylétiques.

La parenté exacte des Malawimonadines avec les autres taxons reste discutée.

Classification proposée par Adl et al. 2005

Ce comité a proposé une nouvelle classification, remplaçant celle des anciens Protistes et tenant compte des phylogénies moléculaires récentes. Elle regroupe les Eucaryotes en six groupes réputés monophylétiques. Voici ce qui concerne les Excavata.

      ▲      └─o Excavata (peut-être paraphylétique)        ├─o Fornicata        │ ├─o Eopharyngia        │ │ ├─o Diplomonadida        │ │ │ ├─o Hexamitinae        │ │ │ ├─o Giardiinae        │ │ │ └─? Enteromonadida        │ │ └─o Retortamonadida        │ └─o Carpediemonas        ├─o Malawimonas        ├─o Parabasalia        │ ├─o Trichomonadida        │ ├─o Cristamonadida        │ ├─o Spirotrichonymphida        │ └─o Trichonymphida        ├─o Preaxostyla        │ ├─o Oxymonadida        │ └─o Trimastix        ├─o Jakobida        │ ├─o Jakoba        │ ├─o Histionidae        │ └─? Seculamonas        ├─o Heterolobosea        │ ├─o Vahlkampfiidae        │ ├─o Gruberellidae        │ ├─o Acrasidae        │ └─? Macropharyngimonas, Pernina, Rosculus        └─o Euglenozoa          ├─o Euglenida          │ ├─o Heteronematina (paraphylétique)          │ ├─o Euglenea          │ └─o Aphagea          ├─o Diplonemea          ├─o Kinetoplastea          │ ├─o Prokinetoplastina          │ ├─o Metakinetoplastina          │ │ ├─o Neobodonida          │ │ ├─o Parabodonida          │ │ ├─o Eubodonida          │ │ └─o Trypanosomatida          │ └─? Bordnamonas, Cephalothamnium, Hemistasia          └─? Calkinsia, Postgaardi