Ce premier livre du Cycle de Fondation est décomposé en cinq parties, chacune formant une entité à part entière et couvrant environ les cent cinquante premières années de l’interrègne.
Après l’arrivée de Gaal Dornick, nouveau mathématicien au sein du projet, Hari Seldon est jugé et son équipe est exilée sur une petite planète nommée Terminus aux confins de la galaxie. Cet exil prévu par Hari Seldon aura pour but officiel la rédaction d’une Encyclopedia Galactica qui regrouperait toutes les connaissances de l’humanité afin de préserver son savoir lorsque commencera l’ère de barbarie.
Lorsque les provinces autour de Terminus se proclament royaumes indépendants les unes après les autres, la Fondation se sent bien isolée malgré son statut de protectorat de l’Empire. Salvor Hardin, maire de Terminus, entre en action pour préserver l’indépendance de sa planète, tandis que l’influence de l’Empire se fait de moins en moins sentir. Au plus fort de la crise, le jour anniversaire de la Fondation, un hologramme d’Hari Seldon, mort depuis des lustres, apparaît dans le caveau. Il apprend alors à ses auditeurs que l’Encyclopédie n’était qu’un prétexte pour permettre la création de la première fondation sans éveiller les soupçons. Il annonce également son apparition à chaque nouvelle crise, lorsque, selon les lois de la psychohistoire, les hommes de la Fondation seront confrontés à une solution unique pour sortir de la crise.
Salvor Hardin a renversé le conseil de l’Encyclopédie et pris le pouvoir juste après la première apparition de Hari Seldon dans le caveau. Il fournit le seul atout de la Fondation, l’énergie nucléaire, aux royaumes voisins qui ne la possèdent plus en échange de leur non-ingérence. Pour mieux la faire accepter, il bâtit une religion qui en contrôle la diffusion et l’utilisation. Avec l’appui des prêtres, il s’en servira ensuite comme arme pour prendre le dessus sur ses encombrants voisins, au premier plan desquels figure la planète Anacréon.
Les marchands de la Fondation parcourent tout un secteur de la galaxie en vendant des articles fonctionnant à l’énergie atomique. L’un d’entre eux est fait prisonnier sur une planète où cette énergie est taboue et risque la mort. Un autre marchand se rend sur la planète pour le délivrer. L’enjeu est de taille : seule l’énergie atomique et la religion qui lui est associée permettent à la Fondation de contrôler les mondes et d’agrandir sa sphère d’influence.
Des astronefs de la Fondation sont portés disparus dans le secteur de Korell, manifestement détruits à l’aide d’armes atomiques. Hober Mallow, marchand de la Fondation, est envoyé sur la planète Korell pour enquêter sur l’origine de ces armements. Il y découvre que l’Empire y est toujours vivant mais que sa technologie est tournée vers le gigantisme par rapport à la miniaturisation des équipements qui a prévalu sur Terminus, pauvre en minerai. Retournant la ruse de ses opposants contre eux, Mallow parvient à se faire élire comme Maire et abandonne la religion comme outil d’expansion, car elle n’inspire plus que méfiance et rejet dans les autres mondes.