Avec Georges de Layens (1834-1897) Nouvelle Flore. (P. Dupont, Paris, première édition 1887, nombreuses rééditions). Ouvrage permettant la détermination des plantes croissant en région parisienne, aujourd'hui édité par Belin. Complété en 1906 par l' Album de la Nouvelle Flore représentant toutes les espèces de plantes photographiées directement d'après nature au cinquième de leur grandeur naturelle. 2028 photographies figurant toutes les espèces des environs de Paris dans un rayon de 100 kilomètres, et les espèces communes dans l'intérieur de la France (Librairie générale de l'enseignement, Paris, 1906).
Le Tome II. Nouvelle Flore des mousses et des hépatiques est signé Charles Isidore Douin (1858-1944), (P. Dupont, Paris, 1895).
Le Tome III. Nouvelle Flore des champignons est signé Julien Noël Costantin (1857-1936) et Léon Marie Dufour (1862-1942), (P. Dupont, Paris, 1895).
Le Tome IV. Nouvelle Flore des lichens, pour la détermination facile des espèces est signé Alphonse Boistel (1836-1908), (P. Dupont, Paris, 1897).
Petite flore contenant les plantes les plus communes ainsi que les plantes utiles et nuisibles (P. Dupont, Paris, 1896). Aujourd'hui édité par Belin, sous le titre Petite Flore.
Avec Georges de Layens Flore du Nord de la France et de la Belgique. (P. Dupont, Paris, 1887, nombreuses rééditions). Aujourd'hui édité par Belin, sous le titre Nouvelle Flore du Nord de la France et de la Belgique.
Avec Georges de Layens La Végétation de la France, 1 - Tableaux synoptiques des plantes vasculaires de la Flore de la France (P. Dupont, Paris, première édition 1894 avec 5289 figures, seconde édition 1900 avec 5 291 figures). Version numérique sur Biblioteca Digital del Real Jardín Botánico.
Avec Georges de Layens La végétation de la France, Suisse et Belgique 1ère partie - Flore complète portative de la France et de la Suisse (comprenant aussi toutes les espèces de Belgique, d'Alsace et de Lorraine) (Librairie Générale de l'enseignement, Paris, première édition 1909 avec 5 338 figures, nombreuses rééditions). Dans les éditions postérieures à 1929, cet ouvrage a reçu le titre de : La végétation de la France, Suisse et Belgique 1ère partie - Flore complète portative de la France, de la Suisse et de la Belgique. Aujourd'hui édité par Belin sous le titre Flore complète portative de la France, de la Suisse et de la Belgique. Version numérique sur Biblioteca Digital del Real Jardín Botánico.
La Végétation de la France, Suisse et Belgique, 2e Partie - Flore complète illustrée en couleurs de France, Suisse et Belgique (comprenant la plupart des espèces d'Europe) ([éditeur/imprimeur à compléter], Paris, publié par fascicules de 1912 à 1935 - nombreuses rééditions. Aujourd'hui édité par Belin en 5 volumes, avec une nomenclature mise à jour, sous le titre La Grande flore en couleurs de Gaston Bonnier) :
Planches 1 à 60 : 1912 ;
Planches 61 à 120 : 1913 ;
Planches 121 à 180 : 1914 ;
Planches 181 à 240 : 1921 ;
Planches 241 à 300 : 1922 ;
Planches 301 à 360 : 1923 ;
Planches 361 à 420 : 1924 ;
Planches 421 à 480 : 1926 ;
Planches 481 à 540 : 1927 ;
Planches 541 à 600 : 1929 ;
Planches 601 à 660 : 1931 ;
Planches 661 à 721 : 1934 ;
Table générale : 1935.
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