L'île possède deux villes incorporées (Northeastern Manitoulin and the Islands et Gore Bay), huit cantons (Assiginack, Billings, Burpee and Mills, Central Manitoulin, Dawson, Gordon, Robinson et Tehkummah) et six réserves anishinaabe (M'Chigeeng, Sheguiandah, Sheshegwaning, Aundeck Omni Kaning, Wikwemikong et Zhiibaahaasing).
Manitoulin compte 12 600 habitants permanents, auxquels s'ajoutent plus de 3 000 personnes pendant l'été. L'île forme avec plusieurs îles avoisinantes le district de Manitoulin, une division de recensement de l'Ontario.