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Charles R. Vossbrinck et Bettina A. Debrunner-Vossbrinck (2005) « Molecular phylogeny of the Microsporidia: ecological, ultrastructural and taxonomic considerations », Folia Parasitologica 52, pp. 131–142
Patrick J. Keeling (2003) « Congruent evidence from α-tubulin and β-tubulin gene phylogenies for a zygomycete origin of microsporidia », Fungal Genetics and Biology 38, pp. 298–309
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Débat scientifique relatif à la phylogénie des Microsporidia
Les années 2000 ont démontré l'origine zygomycète des Microsporidies. Mais tant que leur place exacte dans l'arbre n'est pas déterminée, certains auteurs préfèrent continuer à en faire le groupe-frère de tous les autres champignons regroupés sous le terme d'Eumycètes.
La phylogénie interne du groupe n'est pas élucidée. Les analyses moléculaires montrent que les regroupements sur base morphologique ne sont pas monophylétiques, y compris au niveau des genres.