Minimal Information Requested In the Annotation of biochemical Models - Définition

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Ressources informatiques

Un ensemble de ressources ont été développées. Elles sont accessibles librement via le site Web de L'Institut Européen de la Bioinformatique. L'ensemble du code source est disponible via SourceForge.net.

Le site Web utilise un serveur Apache Tomcat afin de fournir une interface à la base de données (MySQL). Les utilisateurs peuvent effectuer des requêtes, telles que récupérer les adresses physiques (URLs) correspondantes à un URI donné (que ce soit pour un type de données ou pour un élément particulier), récupérer toutes les informations concernant un type de données (nom, synonymes, liens vers la documentation, etc.) et obtenir le résultat immédiatement et de manière dynamique (usage de AJAX).

De plus, des Services Web (réalisés grâce à Apache Axis et utilisant des messages SOAP) sont disponibles. Cette Interface de programmation permet de convertir l'annotation des modèles, mais aussi de générer les URIs valides qui doivent être incluses dans l'annotation des modèles (ceci repose sur la ressource à utiliser ainsi que le numéro d'accès ou identifiant de l'élément à annoter). Pour faciliter l'utilisation de ces services, une bibliothèque de fonctions, réalisée en Java, est disponible.

MIRIAM Resources est utilisé par des projets internationaux, tels que BioModels Database, SABIO-RK, Virtual Cell, COPASI, SBMLeditor, ...

Bien évidemment, tout un chacun peut contribuer au développement du projet, par exemple en proposant de nouveaux types de données (un formulaire est disponible sur le site Web).

Le projet MIRIAM Resources est développé par le Computational Neurobiology Group à l'Institut Européen de la Bioinformatique.