On connaît très mal l’organisation de vie des communautés doubles. Elle évolue certainement au fil des siècles, à mesure que les idées de célibat et de chasteté gagnent du terrain.
Concernant les femmes, la règle de clôture des monastères doubles suit sensiblement l’évolution de celle des monastères de femmes... Au début elle n’existe pas. Quand elle apparaît, elle n’est d’abord que « passive » (exclusion des étrangers et des visiteurs). Puis elle est également « active » (interdiction, même aux abbesses, de sortir). Enfin, elle est plus ou moins stricte selon les ordres.
Au IVe siècle, dans la règle de saint Pacôme, il n’est pas question de clôture. Les rapports entre moines et moniales sont tout de même codifiés : on ne sort pas sans permission, on n’accorde pas une entrevue hors de la présence d’un tiers...
En 529, l’empereur Justinien définit des règles de cohabitation dans les monastères doubles. Les locaux masculins et féminins doivent être séparés. Les moniales peuvent sortir, et même loger ailleurs — sauf dans le monastère des hommes. Trois moines sont mis à la disposition du monastère de femmes, mais ils ne peuvent s’adresser qu’à la supérieure.
Dans l’ordre de Cluny, au XIIe siècle, la clôture des femmes est très stricte, et perpétuelle.
À Fontevraud, au contraire, étrangers ou pèlerins peuvent pénétrer dans l’enceinte. De plus, l’expansion de l’ordre nécessitant des fonds importants, il est difficile de refuser à un riche et puissant donateur une visite de l’abbaye (ce qui contraint les moniales à se cacher). L’expansion de l’ordre nécessite également de répartir les moniales entre les différents prieurés (ce qui leur offre une occasion de sortie).
Bien que moines et moniales vivent séparément, ils sont réunis par les offices et les sacrements. Parfois l’église est unique, parfois chaque communauté a son église. Mais, dans les deux cas, des solutions doivent être trouvées pour éviter aux deux communautés de s’approcher :