La société unity3D (Mac) a porté son environnement sous Windows qui génère des fichiers binaires écrits en C# grâce au compilateur Mono.
Mono est distribué sous double licence par Novell, comme d'autres produits tels que la suite Mozilla. Le compilateur C# et les outils de Mono sont distribués sous licence GNU General Public License (GPLv2 seulement ; à partir de la version 2.0 de Mono, le code source du compilateur C# sera aussi disponible sous licence MIT X11). Les bibliothèques d'exécution sont publiées sous licence GNU Lesser General Public License (LGPLv2 seulement) et les bibliothèques de classes, sous licence MIT. Toutes ces licences sont libres et open-sources, faisant du projet Mono un projet libre et ouvert.
Le portage vers Mono de composants .NET non soumis à l'ECMA pour standardisation a été, dès le début, une source de préoccupations concernant des violations de brevets logiciels. En particulier, des discussions ont eu lieu à propos d'une éventualité où Microsoft pourrait détruire le projet Mono par des poursuites pour violations de brevets.
Les technologies à la base de Mono, soumises à l'ECMA, ne sont pas problématiques. Ceci inclut aussi la couche de compatibilité Mono/Linux/GNOME, qui n'utilise pas des technologies pouvant être couvertes par des brevets de Microsoft. Donc, C#, les bibliothèques et autres couches logicielles du projet GNU ne sont pas concernés par ces préoccupations.
Cependant, il en est autrement pour la couche de compatibilité Microsoft, qui concerne les technologies composant le framework .NET. Celles-ci incluent, entre autres, ASP.NET, ADO.NET, la couche communication du framework .NET 3.0 (Windows Communication Foundation) et Windows.Forms. Ces technologies ne sont pas encore totalement implémentées dans Mono ; Richard Stallman a déclaré qu'il peut être « dangereux » d'utiliser Mono à cause des possibilités d'infractions aux brevets de Microsoft.. Néanmoins, l'utilisation des composants possiblement problématiques n'est pas requise pour programmer des applications Mono.
Microsoft et Novell ont annoncé le 2 novembre 2006 la signature d'un accord dans lequel Microsoft s'engage à ne poursuivre ni Novell, ni leurs clients, pour violation de brevets logiciels. Selon Miguel de Icaza, chef du développement de Mono, le projet Mono est concerné par cet accord, mais uniquement pour les développeurs de Novell et pour leurs clients. Ceci a été critiqué par de nombreux acteurs du mouvement pour les logiciels libres, car cela viole les principes d'égalité de droits entre tous les utilisateurs d'un programme particulier.