Des manifestations sont organisées par le Collectif de soutien, qui dénonce la « répression » dont ont été victimes les lycéens. Une pétition est signée en « soutien aux victimes de la répression du mouvement lycéen ».
Des dizaines de procès suivent, dont une part importante contre des militants politiques radicaux : plusieurs JCR (dont Pauline, meneuse du mouvement, qui affirme avoir reçu des coups durant des interrogatoires nocturnes), un militant d'Alternative libertaire (Samuel Morville), un syndiqué à SUD, un militant du PCF, etc. Samuel Morville, meneur lycéen, est arrêté et condamné à cinq mois de prison avec sursis et 500 euros d'amende pour « outrage à personne dépositaire de l'autorité publique » (ce militant d'Alternative libertaire a été reconnu coupable d'avoir craché sur des policiers). Au cours de son procès, assez médiatisé, deux témoignages de la défense sont refusés. Le 23 mars, deux lycéens du Mans sont condamnés en comparution immédiate à deux mois de prison ferme pour jet de projectiles.
En tout, c'est une quarantaine de personnes qui sont passées en jugement, accusés de violences à agents ou de dégradations de biens. En février 2006, huit personnes arrêtées (avec 200 personnes) le 20 avril lors de l'occupation de l'annexe du Ministère de l'Éducation sont reconvoquées au commissariat. Elles sont placées en garde-à-vue plusieurs heures, puis relâchées. En juin, soit un an et deux mois après les faits, elles apprennent qu'elles sont mises en examen, rejoignant les 9 personnes qui l'étaient déjà.
Pour les soutenir, un « comité de soutien aux victimes de la répression du mouvement lycéen » se constitue, mené par la FCPE de Paris (association de parents d'élèves), pour rédiger des tracts, signer une pétition et organiser des réunions et des manifestations. Le collectif de soutien contient de nombreuses organisations politiques (Alternative libertaire, JCR, JC, LCR, PCF, Les Verts, LO, etc.) syndicales (UNEF, CNT, etc.) et associatives (Justice action libertés - association de gens travaillant dans le droit, Ligue des droits de l'homme, etc.).
Des barrages de CRS et de gardes mobiles avec utilisation de gaz lacrymogènes se multiplient sur le parcours des manifestations lycéennes qui sortent du parcours prévu, comme à la Réunion, à Paris ou à Toulouse. À Lille, lors d'une manifestation, un lycéen est assommé, ce qui fait courir la rumeur qu'il y a un mort.
Plusieurs centaines de lycéens sont arrêtés au cours des différentes actions lycéennes, la plupart relâchés au bout de quelques heures. Des avocats de lycéens utilisent le terme de « rafles » pour ces arrestations. Des lycéens se plaignent d'avoir été humiliés par des déshabillages, insultés, ou frappés (y compris après l'arrestation). Le 31 mai, devant les caméras la gendarmerie mobile évacuent brutalement des lycéens et des avocats de l’enceinte du Palais de Justice.