La principale incertitude à l'heure actuelle concerne la place des Gnétophytes, autrefois estimées plus proches des Angiospermes (au sein des Anthophytes) que des autres Gymnospermes. Elles semblent être le groupe-frère des Pinales, et même vraisemblablement des Pinacées au sein de celles-ci. L'arbre ci-dessus maintient l'incertitude à proximité des deux groupes de Pinales s.s..