Séquence biologique - Définition

Autres séquences

• Séquence glucidique,

Séquences protéiques (peptidiques)

Cette séquence correspond à ce qu'on appelle la structure primaire de la protéine en biochimie. On appelle traduction, l'étape de synthèse protéique à partir d'une séquence nucléotidique, cette étape peut être facilement prédite par des logiciels informatiques pour l'identification de gènes jusqu'alors inconnus. Le code génétique donne une lettre de l'alphabet pour chacun des 20 acides aminés existant, en correspondance aux différents codons. Comme un codon est formé de trois bases, la séquence protéique est trois fois plus courte que la séquence nucléique correspondante.

Voici un exemple en protéique du gène Antennipedia de Drosophile :

             1 mtmstnnces mtsyftnsym gadmhhghyp gngvtdldaq qmhhysqnan hqgnmpyprf            61 ppydrmpyyn gqgmdqqqqh qvysrpdsps sqvggvmpqa qtngqlgvpq qqqqqqqqps           121 qnqqqqqaqq apqqlqqqlp qvtqqvthpq qqqqqpvvya scklqaavgg lgmvpeggsp           181 plvdqmsghh mnaqmtlphh mghpqaqlgy tdvgvpdvte vhqnhhnmgm yqqqsgvppv           241 gappqgmmhq gqgppqmhqg hpgqhtppsq npnsqssgmp splypwmrsq fgkcqgk      

Types de séquences biologiques particulières

• Séquence répétée,
• Séquence terminale longue répétée
• Séquence promotrice,
• Microsatellite,

Traitements informatiques

Analyse de séquences

Des séquences comme celles-ci peuvent être utilisées en entrée (copiées/collées avec toutes leurs annotations) pour faire des analyses de séquences comme avec le programme BLAST.
D'autres programmes permettent d'effectuer des recherches de structures palindromiques.
Bluejay est un programme en java permettant de transformer des données de séquences d'ADN en XML.

Annotations génomiques

Ensembl est un logiciel servant à annoter les séquences génomiques.