Elle est principalement menacée par la modification de son habitat, les dérangements et la prédation par les renards lors de la nidification, et la diminution des ressources de pêche.
C'est une espèce protégée par la Commission Européenne (Directive oiseaux) pour les raisons précitées.
L'US Migratory Bird Act classe aussi cette sterne parmi les espèces à protéger.
L'Accord sur la conservation des oiseaux d'eau migrateurs d'Afrique-Eurasie classe depuis 2002 en catégorie B2a (population assez nombreuse mais considérée comme nécessitant une attention spéciale en raison d'une concentration sur un petit nombre de sites à un stade quelconque de leur cycle annuel) les populations asiatiques, ouest-européennes et ouest-africaines de sternes caugeks, et en catégorie A3a et A3c (population peu nombreuse considérée comme menacée en raison d'une concentration sur un petit nombre de sites à un stade quelconque de leur cycle annuel et d'une manifestation d'un déclin significatif à long terme) celles de la Mer Méditerranée et de la Mer Noire.
Birdlife International estime que la population européenne comprend de 82 à 130 mille couples en été (ce qui représente, selon Birdlife International, 50% de la population totale), et 3 200 individus hivernants (Russie incluse). Cette population ayant enregistré un déclin certes modéré, mais généralisé à tous les pays, cette organisation classe cet oiseau dans la catégorie SPEC2 (situation défavorable en Europe, espèce concentrée en Europe).
L'AEE a classé cette espèce dans la catégorie "en déclin"; elle a en effet été déclarée dans la catégorie "vulnérable" par l'Italie et la Suède, et dans la catégorie "en danger" par les Pays-Bas et la Pologne.
L'IUCN classe cette espèce dans la catégorie "préoccupation mineure", estimant sa population mondiale à un nombre variant entre 460 000 et 500 000 individus, sur une aire de répartition s'étendant sur 100 000 à 1 million de km².