Tobie Nathan est l'un des principaux représentants de l'ethnopsychiatrie, discipline fondée par Georges Devereux, anthropologue et psychanalyste.
L'ethnopsychiatrie propose une nouvelle vision de la psychothérapie et du patient, considéré dans son univers familial et culturel. L'aspect le plus visible de cette pratique est la réhabilitation des « thérapies traditionnelles ». Pour faire face aux problèmes rencontrés par les populations immigrées l'ethnopsychiatre prend au sérieux les explications « traditionnelles » du mal, de la maladie et du malheur - imputés, dans la culture d'origine, à des invisibles non humains (tels que les djinns, etc.). De sa pratique clinique, mais aussi d'observations anthropologiques des thérapies traditionnelles, Tobie Nathan généralise ses observations et sa pratique à l'ensemble du champ des psychothérapies. Une telle théorie permet d'accorder la même légitimité aux pratiques ayant cours dans des sociétés industrielles avancées et à celles issues des sociétés traditionnelles.
Mais l'ethnopsychiatrie n'est pas seulement une discipline destinée à la prise en charge des migrants. Elle s'intéresse aux attachements des personnes et à leurs investissements sociaux. Récemment, l'ethnopsychiatrie a beaucoup insisté pour mettre en valeur les groupes d'usagers tels que Mediagora (groupes de patients souffrant de phobie), Autisme France (parents d'enfants atteints d'autisme infantile), AFTOC (Association de patients souffrant de troubles obsessifs et compulsifs), etc. Elle a souligné l'importance de telles associations pour aider les thérapeutes à affiner leurs méthodes et pour les évaluer avec l'aide des patients. Une série de textes rendant compte de cette démarche novatrice : La psychothérapie à l'épreuve de ses usagers
L'œuvre de Tobie Nathan fait débat en France. Son approche donne lieu à des discussions et à des critiques de plusieurs ordres. Les critiques portent sur la technique psychothérapique, les présupposés politiques de son approche et sa critique de la psychanalyse. Sa vision de la psychothérapie n'est pas acceptée par certains psychanalystes à cause de ce qu'ils considèrent comme un retour à la suggestion – ce qu'il conteste – et surtout, selon eux, par sa non-prise en compte du transfert tel que sa dynamique a été mise en évidence par Sigmund Freud. Cependant, le sens du mot « transfert », la fonction qu’on lui attribue dans la cure ont évolué et il est difficile d’en proposer une version acceptable par tous les thérapeutes. Son attachement au respect de la diversité des cultures humaines peut également entrer en conflit avec une tendance européenne, héritée des Lumières, qui privilégie une vision universelle de la condition humaine, via notamment la notion de droits de l’homme. On lui a ainsi parfois reproché un certain relativisme culturel, dont la dérive serait une sorte d'assignation des personnes à leur culture d'origine. Le débat est toujours vif, en France, dans un moment où l'intégration des immigrés est une question à la fois sociale et politique.
Sa contribution au Livre noir de la psychanalyse a aussi donné lieu à quelques querelles même s'il se défend d'y avoir écrit un texte polémique. Voir son texte en accès libre : "Ceci n'est pas une psychothérapie
Les travaux de Tobie Nathan ont souvent été bien accueillis à l'étranger — en Italie où son œuvre est largement traduite, au Québec, en Suisse et en Belgique où nombre de dispositifs cliniques se sont appuyés sur l'expérience française.