L'idée de la fondation de l'université de Halle (d'abord Académie de Halle) revient à Albert, archevêque de Magdebourg, au début du XVIIe siècle, mais c'est seulement en 1694 que l'Electeur de Brandebourg, Frédéric III (qui deviendra le roi Frédéric Ier de Prusse lorsque son électorat sera élevé en royaume) la fonda.
En 1817, lorsque les duchés saxons deviennent partie de la Prusse, elle fusionne avec l'université de Wittenberg, qui avait été fermée en 1813 par Napoléon.
L'académie contient d'abord quatre facultés (raison pour laquelle c'est une académie et non une université puisqu'une université doit pouvoir conférer le grade de docteur dans toutes les disciplines):
Le premier professeur de médecine fut Friedrich Hoffmann (1660-1742), c'est lui qui fit appeler Georg Ernst Stahl comme professeur. De 1694 à 1698, Hoffmann et Stahl assument seuls les enseignements de la faculté de médecine. Par la suite, ils seront aidés par un certain nombre de professeurs adjoints, parmi lesquels on peut citer: d'une part J.-F. Becker, J.-F. Cassebohm, P.-A. Boehmer et F. Hoffmann fils (tous les quatre disciples de F. Hoffmann père) et d'autre part, A. Goelicke, Michel Aleberti, D. Coschwitz, Pieter Gericke, Johanes Juncker, C.-F. Richter et J.-H. Schulz (quant à eux disciples de Stahl).
Elisabeth Zaisser y fut professeure en littérature soviétique.
Le théologien et philosophe Bartholomaeus Keckermann fut étudiant à l'université de Wittenberg. Le philologue et lexicographe Wilhelm Gesenius enseigna à l'université de Halle pendant trente ans.