Pour l'instant, Juanda possède 2 aérogares, une pour les vols intérieurs et une pour les vols internationaux. Une nouvelle aérogare est en cours d'achèvement, qui sera la plus moderne d'Indonésie. Les 2 anciennes aérogares seront alors fermées.
Les compagnies desservant des lignes intérieures sont :
- Adam Air
- Air Efata
- Airfast Indonesia
- Batavia Air
- Citilink
- Garuda Indonesia
- Indonesia AirAsia
- Kartika Airlines
- Jatayu Airlines
- Lion Air
- Mandala Airlines
- Merpati
- Sriwijaya Air
- Trigana Air
- Wings Air
Celles desservant des vols internationaux sont :