C'est au début de la Seconde Guerre mondiale que les troupes du génie militaire de l'armée sud-africaine construisent un aérodrome connu alors sous le nom de Port Reitz Airport. Ce n'est alors qu'un aérodrome à vocation uniquement militaire et utilisé comme une base terrestre pour la Fleet Air Arm de la flotte britannique (Eastern Fleet) elle-même basée en partie, dès 1942, dans le port de Kilindini situé dans la partie est de l'île de Mombasa. C'est également une base pour la Royal Air Force qui opère des missions de lutte anti-sous-marine le long de la cote de l'Afrique de l'est ainsi que pour la South African Air Force qui est engagée dans la guerre contre l'Italie et l'Abyssinie.
Au sortir des hostilités, l'aérodrome acquiert une vocation civile. Il comporte déjà deux pistes dont la plus longue mesure 1 500 m et est capable d'accueillir des avions de la taille des Douglas DC-3. Ainsi limité, il reste cependant confiné dans des opérations régionales.
Le ballet des cargos humanitaires en direction de Goma (1994)
Entre 1974 et 1977, des travaux d'agrandissement des pistes et la construction d'un terminal de 15 000 m² pour passagers est entrepris conjointement par les gouvernements japonais et kényan. Ce qui permet l'accès aux plus gros transporteurs de cette époque comme le Boeing 747. Dès 1978, l'aéroport obtient le statut d'aéroport international et est rebaptisé sous son nom actuel faisant référence au tout nouveau président kényan de l'époque : Daniel Arap Moi.
A la fin des années 1980, le terminal devient insuffisant en terme d'accueil des nombreux passagers. Dans l'impossibilité technique de l'agrandir, les autorités kényanes, toujours conjointement avec celles du Japon, entreprennent, en octobre 1994 la construction d'un second terminal qui est inauguré en 1996.
Entre juillet et septembre 1994, l'aéroport est utilisé comme base de ravitaillement en kérosène pour les Lockheed C-141 et C-5 ayant pour mission d'assurer la mission humanitaire américaine nommée Operation Support Hope entre l'Europe et le Rwanda. Cette utilisation cesse en octobre avec le début des travaux d'agrandissement de l'aéroport.
Actuellement, il accueille régulièrement des Airbus A340.
Pistes et équipements
Terminaux :
passagers : 3
cargo : 1 (capacité de 2 000 t, surface de stockage de 1 083 m²)
Fly540 : Nairobi, Masai Mara, Malindi, Lamu, Zanzibar avec extension vers Dar es Salam et la région du mont Kilimanjaro (aéroport international du Kilimandjaro) ;
24 avril 1986, un Shorts SC.7 Skyvan 3M-100 des forces de polices du Malawi (Malawi Police Force), en phase d'approche, et en panne de carburant, effectue un atterrissageforcé et percute un arbre, à 18 km de l'aéroport, blessant légèrement le pilote et son passager ;
En octobre 2009, un Boeing cargo 707-321C percute les balises lumineuses de l'aéroport et brise son train d'atterrissage droit sans faire de victime.
