Groupe 1
Les molécules CD1 du groupe 1 interviennent dans la présentation des antigènes lipidiques étrangers, notamment de certains composants de la paroi mycobactérienne, aux lymphocytes T.
Groupe 2
Les antigènes naturels présentés par les molécules CD1 du groupe 2 (CD1D) ne sont pas bien caractérisées actuellement. Cependant un glycolipide synthétique, l'alpha-galactosylceramide, formé à partir d'un composé qui se trouve naturellement dans l'éponge marine, induit une réaction immunitaire en liant CD1D. L'alpha-galactosylceramide est actuellement utilisé en essais cliniques de phase I pour le traitement de cancers non-hématologiques avancés.
Les molécules CD1 du groupe 2 activent les lymphocytes NKT, groupe de lymphocytes T exprimant des marqueurs de surface des cellules NK tels que CD161. Après leur activation par les antigènes présentés par CD1D, les cellules NKT produisent rapidement des cytokines Th1 et Th2, telles que l'interféron-gamma et l'IL-4.
CD1E
CD1E n'étant pas exprimée à la surface des protéines, cette protéine n'interviendrait pas directement dans la présentation des antigènes. Cependant, CD1E serait impliquée dans la préparation intracellulaire de certains glycolipides afin qu'ils puissent être présentés aux cellules T par d'autres protéines CD1. Malgré ça le rôle de cette protéine reste mal connu.