Bien que dans le territoire municipal on n'ait pas trouvé des restes préhistoriques, il y en a eu dans les localités proches comme Eibar et le Durangaldea.
Au Moyen Âge on a commencé à assoir des habitants dans la zone d'Ubera, autour de ce que sont les fermes de Jaolatza et d'Olaegi, qui se trouvent sur le chemin vers Bergara. Près de ces fermes se trouvent les restes du Sanctuaire de Notre dame d'Uriarte qui est le premier lieu de culte chrétien documenté dans la zone et qui date du XIV siècle.
Le roi Alfonso XI étend le cartulaire de la fondation de la ville le 13 septembre de 1335 à Valladolid et, dans cette dernière, il lui accorde la juridiction de Vitoria. La fondation est faite dans des terres de Maya. La lettre dit ceci:
...por facer bien y merced a todos los que quisieren venir, poblar e morar en la puebla nueva que se face en los campos de Maya, a la cual puebla ponemos el nombre de Elgueta, que es frontera de vizcaya.
La ville resta emmurée en faisant de celle-ci une fonction commune de défense, c'était une place à la frontière avec la Biscaye, et la délimitation de juridiction (for).
En 1338 on lui donne des privilèges pour favoriser le bétail, ceux-ci ont été ratifiés en 1371, ce qui laissa en marge les accalmies économiques et qui dans les XIII et XIV siècles ont produit les essors des forges et le commerce du fer et de laine castillane.
La nécessité d'attirer des gens pour peupler la ville a fait qu'on donna certains privilèges au Gipuzkoa, qu'aurait eu seulement ceux de Fuenterrabia.
L'importance dans la production forestière et d'élevage a maintenu la base de l'économie d'Elgeta jusqu'à l'entrée dans le XIX siècle.
Les relations avec le voisin Eibar ont souffert d'une crise au XV siècle à cause d'un procès pour des questions de limites. Des années plus tard ils ont plaidé sur le lieu à occuper dans les assemblées générales et l'ordre de l'émission du vote, a été résolu en attribuant par le corrégidor (ancien magistrat espagnol), à Eibar la partie gauche et celle de droite pour Elgeta.
La guerre de la Convention (1793-1795) affection négativement à la commune quand ce a été obligées de payer des frais en vendant patrimoine municipal, des terres communales.
Dans le siècle XVII l'église paroissiale, consacrée à la Prise en charge de Notre Madame, était servie par un prêtre et cinq profités et appartenait à l'évêché de Calahorra (La Rioja).
La guerre de l'Indépendance, de 1808 - 1814, a affecté la ville. La participation a été active et pour la supporter et a dû vendre à nouveau des biens communaux et sont arrivés à hypothèquer le trésor de l'Église. Cette série de paiements pour des guerres a continué avec les Carlistes, aggravant le déficit de la commune. Dans la première guerre Carliste il a vu la dernière harangue du prétendent avant de passer en France, et dans la deuxième, celle des Alfonsin a été témoin de la dernière tentative de résistance aux troupes.
L'industrialisation n'arriverait pas à des terres elgetarres jusqu'à la moitié du XX siècle, bien qu'à la fin du XIX on ait ouvert de petits ateliers artisanaux. L'implantation industrielle, qui a suivi éleva la croissance des Haut et Bas-Deba (Alto-Deba, Bajo-Deba).
En 1927 on a séparé les quartiers Angiozar et d'Ubera en étant uni à Bergara.
Le lien de la commune avec la montagne basque a débuté le 18 mai 1924 quand il a fait valoir la naissance de la Fédération Basco Navarraise d'Alpinisme.
Pendant la guerre civile le front s'est arrêté dans la commune jusqu'au printemps de 1937. Tandis que la partie nord, les pentes qui descendent à Bergara tombaient dans le côté des insurgés à la légalité républicain, le noyau urbain et le reste du territoire restait dans la partie loyale à la république. La ligne de front passait par le chemin appelé des "bâches" (actuelle route qu'unit la commune avec le port de Kamparzar). Les montagnes Intxortas ont été un des derniers emplacements par où on a cassé le front avant la prise de Biscaye. Les combats ont été très durs, le peuple étant très touché tant dans des dommages économiques que dans des victimes.
La croissance industrielle des communes voisines a été donné pendant la dictature de Franco et a faite de la commune accueillant une population en recevant des gens d'autres régions de l'Espagne.
Dans la dernière partie du XX siècle et du début du XXI, beaucoup d'entreprises dans les polygones industriels s'y sont implantées après avoir été habilités. L'économie de la population a cessé d'être basée sur le secteur primaire pour se mettre dans le secondaire à avoir un poids très important.
La population elgetarra est éminemment bascophone, utilisant le dialecte biscayen, comme à Eibar et dans la Haut-Deba.
