L'insularité, relativement récente, remonte au néolithique et paléolithique.
D'après la légende, Pol Aurélien, moine évangélisateur gallois, débarqua sur l'île en 525 et terrassa le dragon qui terrorisait les habitants au « trou du serpent » (toul ar sarpent en breton), lui ordonnant de se jeter dans les flots. Il fit bâtir un monastère sur l'île vers l'an 530.
La paroisse de Batz faisait partie de l'archidiaconé de Léon relevant de l'évêché de Léon et était sous le vocable de Notre-Dame de Bonsecours.
Au IX siècle, les Vikings firent de Batz une des bases avancées pour leurs expéditions sur le continent. Plus tard, du XIV au début du XVIII siècle, les Anglais ravagèrent l'île à plusieurs reprises. Aux XVIII et XIX siècles, les hommes étaient tous marins et les femmes travaillaient la terre ; ce n'est qu'à la fin du XIX siècle que l'île changea radicalement de visage, avec la décroissance du cabotage et l'orientation agricole du nord-Léon vers le maraîchage.