Certaines traditions locales font remonter la fondation du monastère au régne du roi serbe Stefan Dragutin, à la fin du XIII siècle et au début du XIV siècle ; d'autres la situent après la conquête du Despotat de Serbie par les Ottomans. En revanche, son existence est historiquement attestée pour la première fois dans un defter (recensement) turc datant de 1530, dans lequel il est désigné sous le nom de Severin. Il a sans doute été abandonné au XVII siècle et, en raison de son isolement, il n'a pas été relevé au XIX siècle, contrairement à d'autres établissements monastiques de la région. Un témoignage remontant à la seconde moitié du XIXe siècle atteste que le monastère était en ruine.
Denkovac a été restauré de 1965 à 1987. L'église a été reconstruite dans le style ancien de l'école moravienne et son iconostase a été ornée d'icônes à partir de 1986. Lors de cette campagne de reconstruction, l'ensemble monastique a été doté d'un nouveau konak.