Netvibes a été lancé officiellement le 15 septembre 2005 en concurrence avec Google (et son produit iGoogle, lancé en mai 2005) ou Microsoft (avec Live.com) sur le nouveau segment des pages d'accueil personnalisables. D'après Feedburner, le site est devenu en environ un an le troisième site de lecture de flux RSS au monde.
Durant un an, de juin 2006 à juillet 2007, Pierre Chappaz, fondateur de Kelkoo et Wikio, a co-dirigé l'entreprise avec Tariq Krim, aidant au lancement du site.
Netvibes a reçu le Grand Prix du jury des 9 Clic d'or en juin 2006. En 2007, Time Magazine le considère comme l'un des 50 meilleurs sites de l'année.
Le 22 janvier 2007, Netvibes lance sa nouvelle version nommée « Ginger » (gingembre) uniquement accessible par le biais de code d'invitation fournis par d'autre site internet comme Facebook.
En octobre 2009, la nouvelle version nommée Netvibes Wasabi, accessible elle aussi de manière limitée grâce à des codes d'invitations limités en nombre d'utilisations, apporte une nouvelle interface de lecture de l'information aggrégée, en particulier des flux RSS. Ce nouveau "SmartReader", inspiré de Google Reader, permet la lecture antéchronologique et mixée de l'information provenant en quasi temps réel de différentes sources. La version est rendue publique dans les jours qui suivent la conférence LeWeb '09 . La technologie utilisée permettant une approche temps-réel est basée sur le moteur de base de données TokyoTyrant, et fait appel à en:PubSubHubbub et en:RSS Cloud pour les flux accessibles en Server push. Netvibes devient alors 2-en-1, premettant de créer des "dashboards" personnalisables pour suivre l'information.
En mars 2010, Netvibes annonce sa rentabilité.