Le parc est situé dans l'écorégion des basses-terres des Maritimes.
Le cordon littoral est reconnu comme zone importante pour la conservation des oiseaux (ZICO) du fait de la présence de site de nidification de la Sterne pierregarin et du Pluvier siffleur.
Faune
On retrouve 54 espèces de mammifères dans le parc. Les ongulés qui fréquente le parc sont le cerf de Virginie (Odocoileus virginianus) et l'orignal (Alces alces). Les carnivores terrestres que l'on retrouve dans le parc sont le couguar (Puma concolor), le coyote (Canis latrans), l'hermine (Mustela erminea), la loutre de rivière (Lontra canadensis), le lynx du Canada (Lynx canadensis), le lynx roux (Lynx rufus), la martre d'Amérique (Martes americana ), la mouffette rayée (Mephitis mephitis), l'ours noir (Ursus americanus), le pékan (Martes pennanti), le raton laveur (Procyon lotor), le renard roux (Vulpes vulpes) et le vison d'Amérique (Neovison vison). Les petits mammifères terrestres sont le campagnol des champs (Microtus pennsylvanicus), le campagnol-à-dos-roux boréal (Clethrionomys rutilus), le campagnol-lemming de Cooper (Synaptomys cooperi), le castor du Canada (Castor canadensis), l'écureuil roux (Tamiasciurus hudsonicus), le grand polatouche (Glaucomys sabrinus), la marmotte commune (Marmota monax), le porc-épic d'Amérique (Erethizon dorsatum), le rat musqué (Ondatra zibethicus), le rat surmulot (Rattus norvegicus), la souris commune (Mus musculus), la souris sauteuse des bois (Napaeozapus insignis), la souris sauteuse des champs (Zapus hudsonius), la souris sylvestre (Peromyscus maniculatus), le tamia rayé (Tamias striatus), le lièvre d'Amérique (Lepus americanus), la grande musaraigne (Blarina brevicauda), la musaraigne arctique (Sorex arcticus), la musaraigne cendrée (Sorex cinereus), la musaraigne fuligineuse (Sorex fumeus), la musaraigne palustre (Sorex palustris), la musaraigne pygmée (Sorex hoyi) et le condylure à nez étoilé (Condylura cristata). Cinq espèces de chauve-souris fréquentent le parc soit la chauve-souris argentée (Lasionycteris noctivagans), la chauve-souris cendrée (Lasiurus cinereus), la chauve-souris de Keen (Myotis keenii), la chauve-souris pygmée (Myotis leibii) et la chauve-souris rousse (Lasiurus borealis).
Les mammifères marins qui fréquentent les lagunes et le golfe sont le phoque à capuchon (Cystophora cristata), le phoque commun (Phoca vitulina), le phoque du Groenland (Pagophilus groenlandicus), le phoque gris (Halichoerus grypus), le dauphin à flancs blancs (Lagenorhynchus acatus ), le globicéphale noir (Globicephala melaena), le rorqual à bosse (Megaptera novaeangliae), le petit rorqual (Balaenoptera acutorostrata) et le Rorqual bleu (Balaenoptera musculus).
Parmi les oiseaux, se rencontre une espèce menacée : le Pluvier siffleur (Charadrius melodus).
Huit espèces de reptile fréquentent Kouchibouguac, soit la tortue serpentine (Chelydra serpentina), la tortue des bois (Clemmys insculpta), la tortue peinte (Chrysemys picta), la tortue luth (Dermochelys coriacea), la couleuvre à collier (Diadophis punctatus), la couleuvre à ventre rouge (Storeria occipitomaculata), la couleuvre rayée (Thamnophis sirtalis) et la couleuvre verte (Opheodrys vernalis). Il y a 14 espèces d'amphibiens dans le parc, soit le ouaouaron (Rana catesbeiana), la grenouille verte (Rana clamitans), la grenouille léopard (Rana pipiens), la grenouille du Nord (Rana septentrionalis), la grenouille des marais (Rana palustris), la grenouille des bois (Rana sylvatica), le crapaud d'Amérique (Anaxyrus americanus), le triton vert (Notophthalmus viridescens), la salamandre à points bleus (Ambystoma laterale), la salamandre à quatre doigts (Hemidactylium scutatum), la salamandre sombre (Desmognathus fuscus), la salamandre à deux lignes (Eurycea bislineata), la salamandre rayée (Plethodon cinereus) et la salamandre maculée (Ambystoma maculatum).
