La « Banque de graines » a été creusée dans le flanc d'une montagne de grès, à 120 mètres de profondeur. Un couloir de 100 mètres aboutit sur trois salles de 27 m de long sur 9,5 m de large avec une surface de 256,1 m² totalisant près de 1 500 m³ de volume de stockage. Cette chambre forte disposera de plusieurs systèmes de sécurité. Les graines seront conditionnées dans des paquets spéciaux à quatre plis et scellés à chaud afin d'éviter les moisissures. Les installations seront gérées par la Banque génétique nordique, mais il n'y aura pas de personnel permanent sur le site. Le Spitzberg est considéré comme un lieu idéal par son absence d'activité tectonique et son permafrost, qui aidera à la conservation. Sa situation, 130 mètres au-dessus du niveau de la mer, garantit que la chambre forte restera au sec même en cas de fonte des glaces et d'élévation du niveau des océans. Du charbon exploité localement fournira l'énergie pour les unités de réfrigération qui maintiendront les graines entre −20 et −30 degrés Celsius suivant les normes internationales de conservations. Même en cas de panne des équipements, il faudrait plusieurs semaines avant que la température ne remonte à −3 °C, température naturelle de la roche de la montagne environnante. Avant la construction, une étude de faisabilité a démontré que la chambre forte pourrait préserver les graines de la plupart des cultures alimentaires pendant des centaines d'années. Certaines graines, dont celles de cultures importantes, pourraient même survivre plus longtemps, sans doute des milliers d'années.
Le Svalbard Global Seed Vault est ouvert officiellement depuis le 26 février 2008. Il est financé par diverses fondations dont la Fondation Rockefeller, la Fondation Bill-et-Melinda-Gates (Bill & Melinda Gates Foundation) et la Fondation Syngenta mais aussi le gouvernement de Norvège, l'Australie, le Brésil, le Canada, la Colombie, l'Égypte, l'Éthiopie, l'Allemagne, l'Inde, l'Irlande, l'Italie, la Nouvelle Zélande, l'Espagne, la Suède, la Suisse, le Royaume-Uni et les États-Unis, ainsi que divers organismes privés. On estime que environ 1,5 million de variétés différentes de graines de culture agricole existent encore de par le monde. La diversité et le nombre de graines stockées au Spitzberg dépendront du nombre de pays qui participeront au projet. Mais les infrastructures ont une capacité de conserver 4,5 millions de graines. Les premières graines sont parties du port de Lagos (Nigeria). 7 000 variétés de semences de niébé, maïs, soja et pois de terre, soit 330 kilos répartis dans 21 caisses, qui sont les premières stockées dans la chambre forte au jour de l'inauguration, le 26 février 2008.