Transport à Besançon
Desserte routière

Desserte routière de Besançon
L'agglomération de Besançon est desservie par l'autoroute A36 qui relie Beaune et Mulhouse et qui a été mise en service en 1980. Du fait de la topographie de la ville, la circulation est problématique à Besançon et constitue l'un des enjeux locaux majeurs pour les années à venir. Pour y remédier, des réalisations d'envergure sont menées depuis le début des années 1990. Une première réponse aux problèmes de circulation a été apportée avec le percement d'un tunnel sous la citadelle permettant en partie de décongestionner les rues du centre-ville en opérant une jonction directe entre la RN 83 et la RN 57. Une rocade à 2x2 voies est également en cours de réalisation pour contourner la ville, dont un premier tronçon, appelé voie des Montboucons, a été ouvert en 2003 et permet de faire la liaison entre les pénétrantes dites route de Dole (N73), route de Gray (D70) et route de Vesoul (N57). Un second tronçon, surnommé voie des Mercureaux, est actuellement en chantier. Il s'agit de la portion la plus délicate car s'inscrivant dans une configuration et un environnement particulièrement délicats : sur un total de six kilomètres, deux tunnels ont dû être percés, un viaduc construit au-dessus du vallon des Mercureaux, l'ensemble présentant une pente continue de plus de 5%. La voie des Mercureaux, reliant la route de Lyon (RN83) et la route de Lausanne (RN57), devrait être mise en service mi 2011.
Desserte ferroviaire
La gare de Besançon-Viotte est desservie depuis 1981 par une ligne TGV qui la relie à Paris en 2h40. Les rames roulent sur une voie classique entre Montbard et Besançon. Elle se situe également sur la ligne de trains Corail Strasbourg-Lyon via la Ligne Dole - Belfort et la ligne Besançon - Bourg-en-Bresse. Des TER Franche-Comté empruntent également ces lignes pour la relier notamment à Dijon, Dole, Belfort et Montbéliard. Une ligne secondaire, la Ligne Besançon-Viotte - Le Locle-Col-des-Roches dite "ligne des horlogers" non électrifiée, est empruntée par des TER Franche-Comté desservant aussi la gare de Besançon la Mouillère et permettant de rejoindre Valdahon, Morteau ainsi que la ville suisse de La Chaux-de-Fonds.
En 2012, Besançon sera reliée à la nouvelle ligne LGV Rhin-Rhône, dont la première branche est actuellement en construction entre Dijon et Mulhouse, par la réutilisation d'une partie de l'ancienne ligne Besançon - Vesoul rénovée et électrifiée. Une nouvelle gare d'agglomération, appelée Besançon Franche Comté TGV, voit le jour sur le territoire de la commune d'Auxon-Dessous. Elle sera desservie aussi par des TER Franche-Comté. Cette nouvelle ligne mettra Besançon à un peu moins de deux heures de Paris contre 2h40 actuellement. À noter que Vesoul est la seule préfecture départementale de la région à ne pas être reliée directement à Besançon par liaison ferroviaire (mais possible via Belfort).
Le tableau suivant récapitule les principales liaisons ferroviaires directes régionales et nationales avec Besançon en 2005.

La Gare de Besançon
| Liaisons | Nombre d'allers-retours quotidiens | Temps de trajet optimal | Temps de trajet TGV (2011) |
|---|---|---|---|
| Paris | 6 | 2h35 | 2h05 |
| Lyon | 7 | 2h13 | 1h55 |
| Marseille | 2 | 4h18 | 3h35 |
| Strasbourg | 7 | 2h23 | 1h40 |
| Mulhouse | 10 | 1h30 | 0h45 |
| Dijon | 27 | 0h46 | 0h25 |
| Dole | 26 | 0h19 |
| Saint-Vit | 19 | 0h10 |
| Baume-les-Dames | 15 | 0h21 |
| Belfort | 19 | 1h06 | 0h25 |
| Montbéliard | 21 | 0h51 | 0h25 |

Navigation sur la Boucle du Doubs le long du quai Vauban

Aérodrome de Besançon-La Vèze
Desserte fluviale
La ville, établie dans un méandre du Doubs, est traversée par le Canal du Rhône au Rhin. Son gabarit étant assez réduit, seuls les embarcations de tourisme parviennent jusqu'à Besançon.
Un projet de mise à grand gabarit avait vu le jour en 1961, mais après la mobilisation et la forte opposition pendant de longues années des élus et habitants de la région, il a été définitivement abandonné en 1997.
Desserte aérienne
L'agglomération de Besançon, du fait de sa topographie au relief accidenté et d'une taille critique insuffisante ne possède pas d'aéroport mais abrite deux petits aérodromes situés sur les communes voisines : l'aérodrome de Besançon-La Vèze à La Vèze (avec un service d'avion taxi sur toute l'Europe) et l'Aérodrome de Besançon-Thise de Thise.
Pour se rendre à Besançon ou pour la quitter par voie aérienne, les options les plus souvent retenues sont d'utiliser l'aéroport régional de Franche-Comté Dole-Tavaux (60 km) ou les aéroports internationaux de Genève (170 km), Lyon-Saint-Exupéry (220 km) ou l'EuroAirport Bâle-Mulhouse (160 km).
Transports urbains
Bus
Besançon et les cinquante-huit autres communes de la communauté d'agglomération sont desservies par le réseau de bus Ginko. Celui-ci est constitué d'une flotte de 280 autocars et autobus (104 autocars et 176 autobus) dont 61 roulent au gaz naturel de ville, desservant 53 lignes différentes et 846 stations (624 à Besançon et 224 dans les autres communes). Sur le territoire de la commune de Besançon, l'utilisation moyenne des transports en commun est de 180 voyages par an et par habitant, soit le réseau le plus utilisé de province. Rapporté à l'ensemble de la communauté d'agglomération, ce chiffre descend à 129 voyages par an et par habitant. Le réseau urbain se compose de 23 lignes fonctionnant du lundi au dimanche de 5h30 à 01h tandis que 31 lignes assurent la desserte du réseau périurbain du lundi au samedi de 6h à 19h30, chaque commune bénéficiant de 5 à 13 aller-et-retours par jour vers la ville.
Tramway
D'ici à 2014, le réseau Ginko, à l'initiative de la ville de Besançon et de la Communauté d'Agglomération, mettra en place un réseau de TCSP (transports en commun en site propre) incluant des couloirs de bus ainsi qu'un "mode lourd".La CAGB a choisi de réaliser un tramway. Deux tracés ont été adoptés, le premier allant de Châteaufarine à la Gare SNCF Viotte, et le second allant de Chalezeule à Châteaufarine. Ce service viendra renforcer le réseau qui subit malheureusement une baisse notable de la vitesse commerciale des bus depuis quelques années en partie due aux problèmes de circulation de la ville, un plus grand confort pour ses usagers ainsi qu'un meilleur respect de l'environnement.
Covoiturage
Afin de limiter le flot croissant de la circulation automobile (500 000 véhicules/jour dans l'agglomération), Besançon a lancé en novembre 2006 un site Internet destiné à promouvoir le covoiturage.
Réseau cyclable

Les berges du Doubs (au pied de la citadelle de Besançon) aménagées pour les piétons et les cyclistes.
Au 1 janvier 2006, la commune de Besançon comptabilisait parmi ses aménagements cyclables 23,3 km de pistes cyclables et 25,4 km de bandes cyclables, 1,8 km de contresens cyclable et 4,4 km de couloirs de bus autorisés aux vélos, soit au total 55 km d'itinéraires cyclables. L'AUB (Association des Usagers de la Bicyclette), association existant depuis 1990, milite en faveur de ces aménagements.
Dans le cadre de la communauté d'agglomération, quatre premiers tronçons inter-urbains seront ouverts en 2007: quartier de Besançon-Palente/Thise, quartier de Besançon-Tilleroyes/Serre-les-Sapins, Forêt de Chailluz/Braillans et Gare de Saône/Saône. À terme, le schéma directeur du Grand Besançon prévoit un réseau de 300 km couvrant la totalité des 59 communes de l'agglomération.
Besançon est par ailleurs située sur l'itinéraire de l'EuroVeloroute EV6, dite « De l'océan Atlantique à la mer Noire » et qui relie Nantes à Constanta (Roumanie).
Par ailleurs, la capitale franc-comtoise est dotée d'un système de vélos en libre-service, VéloCité depuis septembre 2007, mettant à disposition 200 vélos sur 30 stations. Elle a ainsi rejoint les villes ayant adopté le cyclocity.
Voies piétonnes
La ville fut l'une des pionnières dans la création de secteurs piétonniers dès les années 1970 dans les quartiers historiques de la Boucle et de Battant. Aujourd'hui, elle a pris du retard du fait notamment des difficultés imposées par le site initial en « cuvette » qui ne permet pas de contourner de manière satisfaisante le centre historique pour le rendre majoritairement piétonnier. La réflexion est cependant lancée pour la piétonnisation de voies dans les quartiers périphériques.