L'université est structurée en facultés de 1 cycle (学部, gakubu), qui ont la charge des étudiants de 1er cycle universitaire, et en facultés de cycles supérieurs (研究科, kenkyūka), qui ont la charge des étudiants de 2 et 3 cycle universitaire.
Facultés de 1 cycle
L'université compte 7 facultés de 1 cycle (学部, gakubu).
- Faculté de sciences humaines
- Faculté d'éducation
- Faculté d'économie
- Faculté de science
- Faculté de médecine et de sciences de la santé
- Faculté d'ingénierie
- Faculté d'agriculture
Facultés de cycles supérieur
L'université compte XXX facultés de cycles supérieurs (研究科, kenkyūka).
- Faculté de sciences humaines
- Faculté d'éducation
- Faculté d'économie
- Faculté de médecine
- Faculté de science et d'ingénierie
- Faculté d'agriculture
- Faculté d'étude de l'est de l'Asie
- Faculté de management de l'innovation et des technologies
- Faculté de sciences vétérinaires, commune avec l'Université de Tottori, l'Université de Miyazaki, et l'Université de Kagoshima
- Faculté de sciences agricoles
