En 1091, Pierre de l'Étoile (Petrus a Stella) fonde l'abbaye sur les bords de la Creuse, près de la fontaine de Gombaud. Aux XIIe et XIIIe siècles l'abbaye connaît un développement considérable et fonde une vingtaine de prieurés. Au XVe siècle, les abbés de Fontgombault font creuser de nombreux étangs contribuant ainsi avec les Abbayes de Saint-Cyran et de Méobecq au développement de la pisciculture dans la Brenne. L'abbaye, pillée et dévastée par les Calvinistes en 1569, est restaurée à la fin du siècle suivant par Dom Andrieu. Jean-François de Chamillart est abbé de l'abbaye. Mais en 1741, la communauté des Bénédictins, réduite à cinq membres, est remplacée par des Lazaristes, qui fondent un séminaire et lancent des missions dans la région.
Lors de la révolution, l'abbaye est en partie détruite, vendue comme "bien national" et utilisée comme carrière de pierres. Elle est finalement rachetée par des Trappistes en 1849 qui s'efforcent de la redresser en entretenant le domaine agricole et en fondant une distillerie de kirsch. Mais en 1905, les trappistes sont expulsés de France par les lois anti-congrégations, et l'abbaye à nouveau vendue est achetée par Louis Bonjean qui y installe une fabrique de boutons. À la mort de celui-ci, en 1914, l'abbaye est transformée en hôpital militaire pour les blessés de l'armée belge, et le reste jusqu'en 1918.
De 1919 à 1948, un séminaire diocésain s'installe dans les murs de l'abbaye, mais il finit par fermer faute de vocations.
