L'abbaye de Port-Royal de Paris ne doit pas être confondue avec l'abbaye de Port-Royal-des-Champs dans la vallée de Chevreuse. La première fut construite, à Paris, à partir de 1626, pour décongestionner la maison mère de Port-Royal-des-Champs à Magny-les-Hameaux dans la vallée de Chevreuse.
Fermée en 1790, au début de la Révolution, elle servit de prison dès 1793 sous le nom de prison de Port-libre ou de la Bourbe. Chrétien Guillaume de Lamoignon de Malesherbes (avocat de Louis XVI à son procès) et Madame de Tourzel, ancienne gouvernante des enfants de France, y furent détenus.
En 1795 l'Hospice de la Maternité, hôpital public, est ouvert dans ses bâtiments et ceux de l'Oratoire voisin. En 1814, les services d'accouchement et l'école y sont transférés, et l'établissement prend le nom de Maternité Port-Royal. En 1890, la clinique Baudelocque est construite sur les terrains de la Maternité; son nom rappelle le rôle de Jean-Louis Baudelocque, professeur d'obstétrique de la fin du XVIIIe siècle.
En 1966, la Maternité Port-Royal est installée dans de nouveaux bâtiments. Le cloître, la chapelle et la salle capitulaire de l'ancienne abbaye ont été conservés et intégrés sur le campus de la Faculté de médecine de l'hôpital Cochin.