L'Occupation de la Tchécoslovaquie par les troupes nazies le trouve à Prague. Pour protester, il décide de ne plus quitter son appartement. Il aurait nommé (ou voulu nommer) un cactus en l'honneur d'Hitler. À son visiteur qui voyait là une excellente idée, il explique froidement que c'est en raison du caractère fragile de ce cactus qui de toute façon va bientôt mourir. Il lui montre ensuite un splendide cactus plein de vie qu'il nomme en l'honneur d'Einstein Mediolobivia einsteinii.
Il aurait caché des armes dans ses serres à cette époque.
En novembre 1944, il s'écorche aux grilles de son clapier et s'inocule le tétanos. Il en meurt quelques semaines plus tard à l'âge de 62 ans. Sa tombe se trouve dans le cimetière du crématorium de Praha-Motol.
Alberto Vojtěch Frič écrit des livres spécialisés et des livres pour la jeunesse. Ces derniers l'ont rendu immensément populaire en Tchécoslovaquie et ont été maintes fois republiés. Les illustrations de Zdeněk Burian n'y sont pas pour rien, qui rendent tangibles et belles les aventures décrites par Frič dans un monde américain encore plein de mystères.