Le jeu propose un mode multijoueur en réseau local (LAN) ou par Internet. Six modes de jeu sont disponibles en multijoueur :
Le Gameplay classique de Aliens versus Predator 2 en multijoueur lui permet d'être un jeu de type Quake, favorisant la création d'équipes (clans) et la compétition entre équipes et joueurs. De nombreux championnats sur Internet ont été créés, l'émulation étant très forte.
Sierra a fermé son serveur maître pour 21 jeux en Novembre 2008, dont Aliens versus Predator 2, ne permettant plus de jouer en ligne, alors que le jeu comptait encore de nombreux passionnés. Un serveur maître alternatif a donc été créé en parallèle, mais la popularité du jeu en a largement pâti.