D’après l’Assemblée nationale de l’American Fisheries Society, une baisse mondiale des ressources en anguille, y compris l’anguille d’Amérique a été constatée. Au Québec, des scientifiques et pêcheurs commerciaux ont observé des diminutions importantes de l’anguille fréquentant le fleuve Saint-Laurent, au début des années 1990. Le déclin de l’anguille en amont du golfe du Saint-Laurent est indéniable. Il s’est amorcé dès le début des années 1980 par une chute du recrutement de l’espèce au lac Ontario et s’est graduellement étendu à la quasi-totalité des pêcheries des réseaux hydrologiques au cours des 20 dernières années. Après avoir examiné le scénario actuel par la production d’un bilan de l’état des stocks de l’anguille rostrata, le Comité sur les espèces en péril au Canada a considéré que l’anguille était une espèce susceptible de devenir menacée si les facteurs causant cette situation préoccupante n’étaient ni inversés, ni gérés de façon efficace . En fait, un plan intégré de conservation et de gestion afin de mettre fin au déclin marqué de la population d’anguille a été élaboré avec le Ministère des Richesses naturelles de l’Ontario et le Ministère des Ressources naturelles et de la Faune du Québec, secteur Faune et Parcs.
Les causes possibles de ce déclin semblent être multiples : le changement climatique, la modification de l'habitat et l’entrave aux migrations, la mortalité dans les turbines, la surexploitation, les contaminants. D’autres possibles causes pourraient être la qualité de l’eau de certaines rivières et l’introduction de nouvelles espèces. L’identification des causes principales est difficile à préciser étant donné que l’écologie de l'anguille est complexe et peu comprise. Le fait que certaines actions ont visé à la réduction des effets de l’activité anthropiques, ne va pas se traduire par une augmentation rapide de la population de l’anguille. Alors, il sera nécessaire d’offrir un habitat avec la qualité adéquate à l’anguille rostrata.
Dans les années soixante, l’anguille jaune et l’anguille argentée ont été l’objet d’une pêche commerciale au Canada, la plus importante se poursuivant le long du fleuve Saint-Laurent entre Trois-Rivières et Cap-Chat, au Québec. La pêche du Québec représentait environ 70% des prises canadiennes et capturait en grande partie l’anguille argentée. Il existait une pêche de moindre importance dans le lac Ontario, autour de la baie de Quinte, ainsi que dans d’autres régions canadiennes. Cependant, les prises canadiennes déclarées ont décru dans les années 1990. La pêche de l’anguille jaune pratiquée dans le lac Ontario, qui était autrefois importante, a été fermée en 2004 pour des motifs de conservation. On pêche l’anguille dans le bras principal du fleuve Saint-Laurent et la grosse anguille argentée dans l’estuaire. Les anguilles font l’objet d’une pêche intensive dans les eaux à marée du Nouveau-Brunswick et de l’Île-du-Prince-Édouard. Dans le reste des Maritimes, des pêches peuvent avoir lieu dans des eaux salées ou douces, mais de vastes secteurs de l’habitat de l’anguille demeurent inexploités. Des nos jours, les pêches commerciales de l’anguille rostrata sont réglementées par différents moyens: la saison de pêche, le nombre de permis, le type d’engin et leur localisation, la limite inférieure de taille ou les quotas. Cependant, la pêche commerciale de l’anguille est actuellement interdite dans la majorité de son l’aire de répartition, spécialement,au Canada.