D'autres cités vaisseaux ont été construites par les Anciens et les Asurans, sur le modèle d'Atlantis. L'équipe de Sheppard en découvre une sur une planète où habite une société de type féodale (épisode 2x15 La Tour).
Dans l'épisode de Stargate SG-1 : Effet domino, on apprend que dans un univers parallèle l'EPPZ d'Atlantis est entièrement déchargé. L'équipe SG-1 de cet univers vient donc dans celui de l'histoire principale afin de le leur substituer en volant un vaisseau pour s'y rendre. Cependant l'équipe SG-1 de cet univers arrive à les en empêcher avant qu'ils arrivent à la cité.
Dans un temps alternatif, la cité ne possédait pas de dispositif de sécurité pour la faire s'élever du fond de l'océan en cas d'énergie faible, et fut détruite peu de temps après l'arrivée de l'équipe de Weir. Cependant, elle réussit à s'échapper en utilisant une machine à remonter le temps jusqu'à l'époque où Atlantis était encore habitée par les Anciens, et à convaincre l'un d'entre eux d'installer une sécurité et d'inventer le moyen de mettre en réserve assez d'énergie pour pouvoir s'en servir.
Sheppard est envoyé par accident dans le futur (48 000 ans plus tard) à la fin de la saison 4 où l'océan de la planète est asséché à cause de la transformation du soleil en géante rouge. On apprend que l'équipe n'a pas réussi à sauver Teyla, celle-ci est morte suite à son accouchement ; le Colonel Carter se suicida en lançant le vaisseau « Phénix » dans un vaisseau ruche après avoir téléporté l'équipage du vaisseau sur la surface de la planète, le souffle de l'explosion en détruisit deux autres. Ronon mena une mission avec un groupe de mercenaires qu'il a formé lui-même, il trouva la mort avec Todd le Wraith en détruisant l'une des installations de Mickaël. Rodney McKay quitta l'expédition Atlantis avec Jennifer Keller suite à la prise de pouvoir Richard Woolsey qui décida de ne plus aider les personnes souffrantes de la maladie des Hoffans dans la galaxie de Pégase, le Dr Keller décéda de cette maladie sur Terre après s'être fiancée avec McKay. McKay travailla pendant 25 ans pour trouver un moyen de changer le cours de l'histoire et ramener Sheppard à leur époque.
Dans un autre univers quand Sheppard et son équipe voyagent sans le vouloir d'un univers parallèle à un autre en vaisseau ils voient Atlantis se faire attaquer par un vaisseau inconnu. On ne sait rien de cet ennemi, à part que dans cet univers John Sheppard est également en vie et que le Dédale a été détruit deux ans auparavant durant la guerre contre les Asurans.
Comme la majorité de la franchise Stargate, les décors où sont tournés les scènes se déroulant dans la cité sont situés aux Bridge Studios à Burnaby, Canada.
C'est Jose Perez qui a réalisé les modèles en 3D et la texture de la cité pour la série.
La production du film Blade: Trinity a donné des décors pour éviter le coût élevé de leur démolition. Ils sont apparus à plusieurs reprises comme éléments de la cité. Par exemple, les passerelles que Sheppard emprunte dans En pleine tempête sont récupérées de celles présentes dans les bâtiments de Blade: Trinity.
De plus tout n'a pas été réellement fabriqué, une partie des scènes se déroule sur fond bleu par exemple pour les scènes sur les balcons de la cité afin de pouvoir incruster l'océan ou bien derrière la porte des étoiles afin de pouvoir incruster un vortex grâce aux des effets spéciaux toujours très présents dans la série.
Les décors d'Atlantis n'ont pas été démontés à la fin de la série, mais sont toujours en place en attendant le tournage du téléfilm Stargate: Extinction.