Munthe fut atteint d'une maladie des yeux qui finit par le rendre pratiquement aveugle et incapable de supporter la lumière trop vive du soleil italien. Il dut revenir en Suède pour un certain nombre d'années et écrivit Le Livre de San Michele (publié en 1929) ; l'ouvrage reçut un accueil très favorable, fut traduit dans au moins quarante-cinq langues et devint l'un des best-sellers du XXe siècle.
Une opération lui rendit la vue, et il habita plusieurs années à San Michele, avant de retourner en Suède en 1942. C'est là qu'il passa les dernières années de sa vie en tant qu'hôte officiel du roi de Suède.
Pendant la Seconde Guerre mondiale, son fils, Malcolm Pennington Mellor, servit dans le Special Operations Executive, travaillant derrière les lignes nazies en Scandinavie occupée, et il participa ensuite à l'invasion alliée à Anzio. Grièvement blessé pendant le conflit, il termina son existence reclus.
Plusieurs des propriétés de Munthe sont à présent des musées et des centres culturels.
Axel Munthe a légué la Villa San Michele à la nation suédoise, et elle est entretenue par une fondation suédoise. Doté du statut de centre culturel, le complexe offre des concerts, accueille des chercheurs suédois en visite, et abrite le consulat suédois local. La fondation gère également le sanctuaire d'oiseaux du mont Barbarossa, qui s'étend sur plus de 55 000 mètres carrés.
En 1980, une fondation (le Stiftelsen Hildasholm) a été créée pour s'occuper d'Hildasholm, le domicile en Suède de Munthe. Malcolm Munthe lui a fait don de la maison ainsi que des œuvres d'art et des antiquités qu'elle contient, et elle fonctionne comme un musée. Classée monument historique en 1988, elle a connu d'importantes restaurations de 1995 à 1999. Outre des visites guidées, le musée organise des cours sur l'art et des concerts.
Malcolm Munthe a passé une grande partie de sa vie après la Seconde Guerre mondiale à réaménager les deux résidences familiales en Angleterre. Ses enfants ont créé le Pennington-Mellor-Munthe Charity Trust, qui gère les deux maisons de Southside et de Hellens, et les fait fonctionner comme des musées ; elles accueillent aussi des événements culturels comme des concerts, des conférences, des manifestations littéraires, etc. Les membres de la famille y habitent encore quelquefois.
Au moins deux colloques internationaux se sont tenus sur Munthe ; le second a eu lieu le 13 septembre 2003 à Hildasholm, à Leksand, en Suède. Parmi les conférenciers figuraient le Dr Ian McDonald, Levente Erdeos (architecte, et ancien conservateur de San Michele), l'auteur suédois Bengt Jangfeldt, le Dr Peter Cottino (de Capri), Mårten Lindståhl, le Dr Katriona Munthe-Lindgren (petite fille du docteur Axel Munthe), et le professeur Alden Smith, du département des Études classiques à la Baylor University.
Le Livre de San Michele a laissé dans l'ombre d'autres publications de Munthe, et on y rencontre des parties venant de certaines de ses œuvres antérieures. Ces dernières peuvent être très difficiles à trouver et, souvent, atteignent des prix élevés.
Mis à part sa thèse, ses premières publications comprenaient un certain nombre de récits de voyages parus dans le journal Stockholms Dagblad, et qui racontaient son expérience de travail humanitaire pendant l'épidémie de choléra à Naples. Ces récits parurent en Angleterre sous forme de livre en 1884, de même que Letters From A Mourning City. Munthe a traduit lui-même en anglais le texte suédois.
Vagaries fut initialement publié à Londres en 1898. L'ouvrage fut renommé Memories and Vagaries et réimprimé en 1908. En 1930, il y eut une troisième édition, avec une préface ; le choix des récits et leur ordre présentent de légères différences. Le texte correspondant, en français, est celui de De Naples (1885) et de Esquisses (1888).
Red Cross and Iron Cross fut publié anonymement à Londres en 1916 et signé « un médecin en France », toutes les recettes devant aller à la Croix-Rouge française, il y raconte ses expériences durant la Première Guerre mondiale. Une deuxième édition, signée Munthe, parut vers 1930.