La musique de Beyond Good & Evil a été écrite et composée par Christophe Héral. Il a connu Michel Ancel par l'intermédiaire de Hubert Chevillard, réalisateur dans le cinéma d'animation, milieu d'où Michel Ancel voulait trouver un compositeur. Christophé Héral a travaillé la musique du jeu avec Laetitia Pansanel (orchestrations) et son frère Patrice Héral (création et voix).
L'évolution du développement du jeu a eu une influence sur la musique. Notamment lorsqu'il a été décidé que Jade serait une jeune adulte et plus une adolescente. Et inversement, la musique a influé sur le jeu, en l'occurrence sur les graphismes. Les tonalités mauresques de l'architecture de la ville sont apparus après que Christophe Héral ait ajouté des violons arabisants dans ses musiques d'ambiance.
Les paroles des musiques sont chantées dans des langues diverses, certaines étant purement imaginaires. Propaganda, par exemple, mélange de l'espagnol avec des mots d'anglais et des sonorités bulgares. L'aspect world music du jeu est assumé par le compositeur qui a mélangé volontairement des langues imaginaires et des sonorités arabisantes ou indiennes dans ses morceaux. Pour composer les chansons en langue DomZ, Christophe Héral s'est inspiré de mots à la sonorité mystérieuse comme « aarscham » et « karesham » pouvant faire penser à des incantations magiques.
La musique de Beyond Good & Evil a été sélectionnée dans le cadre de Video Games Live et été nommé à l'Interactive Achievement Award de la meilleure composition musicale originale.
Total 93'46
Le succès critique, le bouche-à-oreille positif des joueurs et la volonté d'Ubisoft de créer une franchise ont permis à Michel Ancel, en dépit de mauvaises ventes, de lancer la production de Beyond Good & Evil 2 (titre provisoire) afin de prolonger un univers qui lui tient à cœur. Si le monde parcouru sera sans doute assez différent de celui du premier opus, Jade et Pey'j devraient répondre présents et la philosophie du développement et du jeu devrait être similaire.
Ubisoft semble pour sa part avoir intégré Beyond Good & Evil au panthéon de ses jeux phares à côté de la série Rayman ou de la série Prince of Persia. D'ailleurs dans le dernier Prince of Persia, un costume spécial peut être débloquée pour Elika, l'alliée du héros : le costume de Jade. Jade est également présente dans le jeu vidéo de football Academy of Champions: Football d'Ubisoft, réunissant toutes les mascottes de l'éditeur. On trouve également le costume de Pey'j (masque de porc à défenses et Jet Boots), présent sous forme de clin d'œil, dans le jeu vidéo Astérix & Obélix XXL 2: Mission Las Vegum qui parodie un grand nombre d'autres jeux vidéo.