Michel Ancel a pour la première fois l'idée du concept de Beyond Good & Evil en 1999 alors qu'il travaille sur Rayman 2: The Great Escape. Un bug permet de sauter sur un bateau survolant le niveau et d'observer celui-ci de haut. Le sentiment d'espace et de liberté que ressent le créateur sert de fondement à ce qui est tout d'abord nommé Project BG&E - Between Good & Evil.
Pour gérer un monde vaste, l'équipe d'Ubisoft Montpellier doit créer un tout nouveau moteur : le Jade Engine. Enthousiasmés par les rendus d'eau du moteur, les développeurs décidèrent de faire d'Hillys une planète presque entièrement recouverte d'eau. Le jeu comprend au final 126 séquences cinématiques utilisant le moteur de jeu et durant en tout 53 minutes. Yoan Fanise, le responsable des bruitages crée 1 077 effets sonores pour donner vie à Hillys. Les 7 383 dialogues sont doublés en six langues.
La variété d'action, l'attachement aux personnages et l'émotion sont au centre de Beyond Good & Evil. Comme moyen d'amplification de l'émotion, l'équipe de développement place volontairement dans le jeu des moments d'accalmie pour le joueur. Un soin particulier est apporté à l'esthétique du jeu, notamment en détournant l'utilisation classique de l'effet de flou, comme dans Ico ou Prince of Persia: les Sables du temps, pour transmettre les changements d'émotion de l'héroïne et l'éveil de sa conscience.
L'équipe reçoit l'aide des studios de développement d'Ubisoft Casablanca et d'Ubisoft Milan. Le développement dure quatre ans.
Le gameplay de Beyond Good & Evil se veut très varié, empruntant à de nombreux genres autre que l'action-aventure comme l'infiltration, la course ou la plate-forme. Si l'on devait comparer ce gameplay à celui d'autres jeux, on pourrait penser à Metal Gear Solid (jeu d'infiltration), Anachronox (jeu de rôle) ou principalement la série Zelda (jeux d'action-aventure). Beyond Good & Evil est d'ailleurs souvent surnommé « le Zelda français ».
L'exploration est l'une des composantes importantes du genre action-aventure. Dans Beyond Good & Evil, le joueur doit explorer le monde 3D d'Hillys pour photographier toutes les espèces animales y vivant pour le compte du centre scientifique en échange de crédits et de perles. Il y en a plus de 50 à découvrir, parmi lesquelles des espèces intelligentes et des espèces DomZ parasites. Le joueur peut partir à la recherche de trésors mythiques dans l'antre des vorax ou dans le volcan éteint. Dans la cité d'Hillys, le joueur peut essayer de trouver des cartes magnétiques pour accéder à des zones interdites où les sections Alpha entassent les richesses. Le joueur peut acheter dans la boutique de Ming-Tzu un détecteur d'animaux et un détecteur de perles pour orienter ses recherches.
Jade doit effectuer des missions secrètes pour le réseau IRIS. Elle est amenée à s'infiltrer dans des bâtiments sécurisés. Ces phases reprennent les codes classiques du jeu d'infiltration.
Le joueur doit éviter d'être vu par les gardes en s'accroupissant ou en se collant aux murs. Si les gardes le voient, ils déclenchent l'alarme et des robots nettoyeurs sont envoyés. Le joueur doit alors se cacher pour éviter leurs rayons mortels. Les sections Alpha sont équipées de bombonnes de gaz accrochées dans leur dos. Jade peut atteindre ces bombonnes à distance grâce à sont gant gyrodisk. Elle peut ensuite s'attaquer physiquement aux gardes en armure et s'en débarrasser définitivement. Mais les gardes surveillent souvent les zones à plusieurs et peuvent aider leurs camarades s'ils sont touchés.
Certaines portes sont fermées et nécessitent un code en fonction de leur référence. Cette référence, sous-forme de code-barres, peut être photographiée par le joueur et envoyée au gouverneur d'Hillys qui transmet les codes correspondants.
Le joueur doit également, à la manière d'un jeu de plates-formes, accéder à des points inaccessibles en sautant, s'accrochant à des parois ou en activant des mécanismes, parfois présentés sous forme d'énigmes.
Jade combat les monstres, les DomZ et les sections Alpha grâce à son bâton de daï-jo. Elle possède aussi une attaque spéciale tournoyante lui permettant de lancer des projectiles sur ses ennemis. Cette attaque peut être améliorée grâce à des objets spéciaux.
Le joueur est aidé par les équipiers de Jade : Pey'j et Double H. Ils peuvent déclencher des super-actions décrochant les ennemis du sol. Le joueur peut alors envoyer ces ennemis contre des éléments interactifs du décor, dans le vide ou dans d'autres ennemis. Ses équipiers l'aident également dans les combats avec une Barranco D53 modèle à percussion (clef à molette) pour Pey'j et un marteau massif pour Double H. La contrepartie est que Jade doit parfois les protéger quand ils sont en danger.
Le jeu est ponctué d'apparitions de boss de fin de niveau qui requièrent une stratégie particulière pour être vaincus. Le jeu comprend également des phases de tir avec l'hovercraft SX350 ou le vaisseau stellaire Beluga 200.
En certaines occasions, le joueur est confronté à des phases de courses notamment lors des paris sur les courses d'hovercraft qui reprennent les codes du jeu de course. Elles sont au nombre de quatre et constituent un championnat richement doté en crédits. Jade est aussi parfois prise dans des course-poursuites en hovercraft lorsqu'elle s'enfuie des bâtiments des sections Alpha par exemple.
Jade et ses équipiers possèdent une jauge de vie constituée de cœurs. En trouvant et en attribuant des AP1 (objets), le joueur peut augmenter la taille de ces jauges. La jauge peut être restaurée à l'aide de différents items : les starkos (un cœur) et les K-bups (plusieurs cœurs).
La progression d'un niveau à l'autre est garantie par la limitation des possibilités de l'hovercraft. Le joueur doit collecter des perles pour acheter des améliorations au garage Mammago (saut, moteur stellaire...) et pouvoir accéder aux nouvelles zones où se trouvent les niveaux. Bien évidemment, le nombre de perles nécessaire à atteindre une nouvelle zone ne peut être obtenu qu'en terminant les précédents niveaux.
Le joueur peut sauvegarder sa progression à l'aide d'un M-disk à insérer dans des bornes spéciales faisant donc office de points de sauvegarde.
Les mini-jeux et épreuves annexes occupent une place importante dans Beyond Good & Evil. Outre le fait que l'exploration totale du monde et la victoire dans tous les paris de courses d'hovercraft sont annexes, le joueur a accès à trois épreuves :