Les menaces qui pèsent sur l'écosystème sont :
Localement certains aménagements touristiques, et l'exploitation forestière posent problème.
Le Plan forestier national(PFN) annonce vouloir avec l'UICN et le WWF protéger ce qui reste des forêts sèches menacées par des incendies répétés. Dans les années 2000, ils ont aussi travaillé à limiter certaines espèces invasives (ex : la liane de Gatope dans les forêts sèches de la pointe Maa, jugées « prioritaires en termes de conservation ». Cette liane a été introduite à partir de Madagascar, comme plante ornementale, avant de devenir invasive, notamment en région de Ouaco).
Depuis 2006, le Conservatoire Botanique de Nouvelle Calédonie étudie et conserve les espèces rares et menacées de Nouvelle-Calédonie.
La diversité faunistique de la Nouvelle-Calédonie est semblable à de nombreuses îles, et particulièrement la Nouvelle-Zélande. À l'instar des îles Galapagos, la proportion d'espèces reptiliennes domine par rapport aux autres espèce de vertébrés sur l'île avec 85 espèces de lézards dont 83,5% sont endémiques à la Nouvelle-Calédonie.