Après consommation de thé, de vin ou de chocolat, les catéchines de ces produits subissent dans le système digestif d’importantes transformations. Les bactéries intestinales et les entérocytes de l'intestin en métabolisent la plus grande partie. Une fois traversées la paroi de l’intestin, 45 % de la catéchine et de l’épicatéchine se retrouvent sous forme glucuronidée, 30 % sous forme o-méthylée et 20 % sous forme o-méthylglucuronidée (d’après une étude sur l’intestin grêle du rat de Kuhnle et collaborateurs). Chez l’homme aussi, on sait que seulement 1,68% des catéchines ingérées se retrouvent dans le plasma sanguin, les urines et les excréments. L’EGCG ne va pratiquement pas dans le sang et la partie absorbée est principalement excrétée par la bile dans le colon. L’EGC et l’EC sont un peu plus biodisponibles. Mais l’EGC est malgré tout détectée principalement sous forme glucuronidée (57-71%) ou sulfatée (23-36%) et seulement une faible partie se trouve à l’état libre (3-13%). L’EC est détectée pour les 2/3 sous forme sulfatée et 1/3 glucuronidée.
Les métabolites apparaissent relativement rapidement dans la circulation sanguine puisqu'un pic de concentration est observable 2,5 h après l'ingestion d'un aliment riche en flavanol. Ils sont ensuite rapidement excrétés dans la bile et l'urine.