Dejima était essentiellement constituée d'entrepôts et de maisons d'habitation pour les Néerlandais, mais aussi de logements de fonction pour les fonctionnaires nippons. Les marchands occidentaux étaient étroitement surveillés par des gardiens et autres veilleurs de nuit placés sous la responsabilité d'un superviseur, l'Otona. Un certain nombres de commerçants assistés de 150 Tsuji (interprètes) y résidaient et étaient tous rémunérés par la VOC. Le représentant officiel de la compagnie, a été appelé Opperhoofd ou Kapitan. Cependant, le titre ne changea pas lorsque l'île tomba sous l'autorité de l'État néerlandais. Tout au long de cette période, le titulaire devait en changer tous les ans, mais cela ne fut pas toujours le cas.
Dejima était directement placée sous la supervision centrale d'Edo, représenté par un gouverneur appelé bugyō, qui était responsable de tous les contacts entre les VOC avec toute personne se trouvant dans l'archipel japonais. Celui-ci inspectait également tout navire néerlandais qui arrivait à Dejima, et donc les voiles étaient saisies jusqu'à ce que le bâtiment ait décidé de partir. Les livres religieux (comme la bible) et des armes étaient scellées et confisqués. De plus, aucun service religieux n'était toléré à Dejima.
Liste des capitaines ou Opperhoofden à Dejima
François Caron: 3 février 1639 - 13 février 1641
Maximiliaen Le Maire: 14 février 1641 - 30 octobre 1641
Jan van Elseracq: 1 novembre 1641 - 29 octobre 1642
Pieter Anthonijszoon Overtwater: 29 octobre 1642 - 1 août 1643
Jan van Elserac: 1.8.1643 - 24 novembre 1644 (2e période)
Pieter Anthonijszoon Overtwater: 24 novembre 1644 - 30 novembre 1645 (2e période)
Reijnjer van't Zum: 30 novembre 1645 - 27 octobre 1646
Willem Verstegen [Versteijen]: 28 octobre 1646 - 10 octobre 1647
Frederick Coijet: 3 novembre 1647 - 9 décembre 1648
Dircq Snoecq: 9 dévembre 1648 - 5 novembre 1649
Anthonio van Brouckhorst: 5 novembre 1649 - 25 octobre 1650
Pieter Sterthemius: 25 octobre 1650 - 3 novembre 1651
Adriaen van der Burgh: 1 novembre 1651 - 3 novembre 1652
Frederick Coijet: 4 novembre 1652 - 10 novembre 1653 (2e période)
Gabriel Happart: 4 novembre 1653 - 31 octobre 1654
Leonard Winninx: 31 octobre 1654 - 23 octobre 1655
Joan Boucheljon: 23 octobre 1655 - 1 novembre 1656
Zacharias Wagenaer [Wagener]: 1 novembre 1656 - 27 octobre 1657
Joan Boucheljon: 27 octobre 1657 - 23 octobre 1658 (2e période)
Zacharias Wagenaer [Wagener]: 22 octobre 1658 - 4 novembre 1659 (2e période)
Joan Boucheljon: 4 novembre 1659 - 26 octobre 1660 (3e période)
Hendrick Indijck: 26 octobre 1660 - 21 novembre 1661
Dirck van Lier: 11 novembre 1661 - 6 novembre 1662
Hendrick Indijck: 6 novembre 1662 - 20 octobre 1663 (2e période)
Willem Volger: 20 octobre 1663 - 7 novembre 1664
Jacob Gruijs: 7 novembre 1664 - 27 octobre 1665
Willem Volger: 28 octobre 1665: - 27 octobre 1666 (2e période)
Daniel Six [Sicx]: 18 octobre 1666 - 6 novembre 1667
Constantin Ranst: 6 novembre 1667 - 25 octobre 1668
Daniel Six [Sicx]: 25 octobre 1668 - 14 octobre 1669 (2e période)
Francois de Haas: 14 octobre 1669 - 2 novembre 1670
Martinus Caesar: 2 novembre 1670 - 12 novembre 1671
Johannes Camphuijs: 22 octobre 1671 - 12 novembre 1672
Martinus Caesar: 13 novembre 1672 - 29 octobre 1673 (2e période)
Johannes Camphuijs: 29 octobre 1673 - 19 octobre 1674 (2e période)
Martinus Caesar: 20 octobre 1674 - 7 novembre 1675 (3e période)
Johannes Camphuijs: 7 novembre 1675 - 27 octobre 1676 (3e période)
Dirck de Haas: 27 octobre 1676 - 16 octobre 1677
Albert Brevincq: 16 octobre 1677 - 4 novembre 1678
Dirck de Haas: 4 novembre 1678 - 24 octobre 1679 (2e période)
Albert Brevincq: 24 octobre 1679 - 11 novembre 1680 (2e période)
Isaac van Schinne: 11 novembre 1680 - 31 octobre 1681
Hendrick Canzius: 31 octobre 1681 - 20 octobre 1682
Andreas Cleyer [Andries]: 20 octobre 1682 - 8 novembre 1683
Constantin Ranst de Jonge: 8 novembre 1683 - 28 octobre 1684
Hendrick van Buijtenhem: 25 octobre 1684 - 7 octobre 1685
Andreas Cleyer: 17 octobre 1685 - 5 novembre 1686 (2e période)
Constantin Ranst de Jonge: 5 novembre 1686 - 25 octobre 1687 (2e période)
Hendrick van Buijtenhem: 25 octobre 1687 - 13 octobre 1688 (2e période)
Cornelisz.van Outhoorn: 13 octobre 1688 - 1 novembre 1689
Balthasar Sweers: 1 novembre 1689 - 21 octobre 1690
Hendrick van Buijtenhem: 21 octobre 1690 - 9 novembre 1691 (3e période)
Cornelis van Outhoorn: 9 novembre 1691 - 29 octobre 1692 (2e période)
Hendrick van Buijtenhem: 29 octobre 1692 - 19 octobre 1693 (4e période)
Gerrit de Heere: 19 octobre 1693 - 7 novembre 1694
Hendrik Dijkman: 7 novembre 1694 - 27 octobre 1695
Cornelis van Outhoorn: 27 octobre 1695 - 15 octobre 1696 (3e période)
Hendrik Dijkman]: 15 octobre 1696 - 3 novembre 1697 (2e période)
Pieter de Vos: 3 novembre 1697 - 23 octobre 1698
Hendrik Dijkman: 23 octobre 1698 - 12 octobre 1699 (3e période)
Pieter de Vos: 21 octobre 1699 - 31 octobre 1700 (2e période)
Hendrik Dijkman: 31 octobre 1700 - 21 octobre 1701 (4e période)
Abraham Douglas: 21 octobre 1701 - 30 octobre 1702
Ferdinand de Groot: 9 novembre 1702 - 30 octobre 1703
Gideon Tant: 30 octobre 1703 - 18 octobre 1704
Ferdinand de Groot: 18 octobre 1704 - 6 novembre 1705 (2e période)
Hermanus Menssingh : novembre 1705 - octobre 1706
Ferdinand de Groot: 26 octobre 1706 - 15 octobre 1707 (3e période)
Hermanus Menssingh: 15 octobre 1707 - 2 novembre 1708 (2e période)
Jasper van Mansdale: 2 novembre 1708 - 22 octobre 1709
Hermanus Menssingh: 22 octobre 1709 - 10 novembre 1710 (3e période)
Nicolaas Joan van Hoorn: 10 novembre 1710 - 31 octobre 1711
Cornelis Lardijn: 31 octobre 1711 - 7 novembre 1712
Nicolaas Joan van Hoorn: novembre 1712 - novembre 1713 (2e période)
Cornelis Lardijn: 7 novembre 1713 - 27 octobre 1714
Nicolaas Joan van Hoorn: 27 octobre 1714 -19 octobre 1715 (3e période)
Gideon Boudaen: 19 octobre 1715 - 3 novembre 1716
Joan Aouwer: 3 novembre 1716 - 24 octobre 1717
Christiaen van Vrijbergh[e] : 24 octobre 1717 - 13 octobre 1718
Joan Aouwer: 13 octobre 1718 - 21 octobre 1719 (2e période)
Christiaen van Vrijbergh[e] : 21 octobre 1719 - 21 octobre 1720 (2e période)
Roeloff Diodati: 21 octobre 1720 - 9 novembre 1721
Hendrik Durven: 9 novembre 1721 - octobre 1722
Hendrik Durven: octobre .1722 - 18 octobre 1723 (2e période)
Johannes Thedens: 18 octobre 1723 - 25 octobre 1725
Joan de Hartogh: 25 octobre 1725 - 15 octobre 1726
Pieter Boockestijn: 15 octobre 1726 - 3 novembre 1727
Abraham Minnedonk: 3 novembre 1727 - 20 octobre 1728
Pieter Boockestijn: 22 octobre 1728 - 12 octobre 1729 (2e période)
Abraham Minnedonk: 12 octobre 1729 - 31 octobre 1730 (2e période)
Pieter Boockestijn: 31 octobre 1730 - 7 novembre 1732 (3e période)
Hendrik van de Bel: 7 novembre 1732 - 27 octobre 1733
Rogier de Laver: 27 octobre 1733 - 16 octobre 1734
David Drinckman: 16 octobre 1734 - 4 novembre 1735
Bernardus Coop [Coopa] à Groen: 4 novembre 1735 - 24 octobre 1736
Jan van der Cruijsse: 24 octobre 1736 - 13 octobre 1737
Gerardus Bernardus Visscher : 13 octobre 1737 - 21 octobre 1739
Thomas van Rhee: 22 octobre 1739 - 8 novembre 1740
Jacob van der Waeijen: 9 novembre 1740 - 28 octobre 1741
Thomas van Rhee: 29 octobre 1741 - 17 octobre 1742 (2e période)
Jacob van der Waeijen: 17 octobre 1742 - 9 novembre 1743 (2e période)
David Brouwer: 5 novembre 1743 - 1 novembre 1744
Jacob van der Waeijen: 2 novembre 1744 - 28 décembre 1745 (2e période)
Jan Louis de Win: 30 décembre 1745 - 2 novembre 1746
Jacob Balde: 3 novembre 1746 - 25 octobre 1747
Jan Louis de Win: 28 octobre 1747 - 11 novembre 1748 (2e période)
Jacob Balde: 12 novembre 1748 - 8 décembre 1749 (2e période)
Hendrik van Homoed: 8 décembre 1749 - 24 décembre 1750
Abraham van Suchtelen: 25 décembre 1750 - 18 novembre 1751
Hendrik van Homoed: 19 novembre 1751 - 5 décembre 1752 (2e période)
David Boelen: 6 décembre 1752 - 15 octobre 1753
Hendrik van Homoed: 16 octobre 1753 - 3 novembre 1754 (3e période)
David Boelen: 4 novembre 1754 - 25 octobre 1755 (2e période)
Herbert Vermeulen: 25 octobre 1755 - 12 octobre 1756
David Boelen: 13 octobre 1756 - 31 octobre 1757 (3e période)
Herbert Vermeulen: 1 novembre 1757 - 11 novembre 1758 (2e période)
Johannes Reijnouts: 12 novembre 1758 - 11 novembre 1760
Marten Huijshoorn: 12 novembre 1760 - 30 octobre 1761
Johannes Reijnouts: 31 octobre 1761 - 2 décembre 1762 (2e période)
Fredrik Willem Wineke: 3 décembre 1762 - 6 novembre 1763
Jan Crans: 7 novembre 1763 - 24 octobre 1764
Fredrik Willem Wineke: 25 octobre 1764 - 7 novembre 1765 (2e période)
Jan Crans: 8 novembre 1765 - 31 octobre 1766 (2e période)
Herman Christiaan Kastens : 1 novembre 1766 - 20.10.1767
Jan Crans: 21 octobre 1767 - 8 novembre 1769 (3e période)
Olphert Elias: 9 novembre 1769 - 16 novembre 1770
Daniel Armenault: 17 novembre 1770 - 9 novembre 1771
Arend Willem Feith : 10 novembre 1771 - 3 novembre 1772
Daniel Armenault [Almenaault] : 4 novembre 1772 - 22 novembre 1773 (2e période)
Arend Willem Feith: 23 novembre 1773 - 10 novembre 1774 (2e période)
Daniel Armenault [Almenaault]: 11 novembre 1774 - 28 octobre 1775 (3e période)
Arend Willem Feith: 28 octobre 1775 - 22 novembre 1776 (3e période)
Hendrik Godfried Duurkoop: 23 novembre 1776 - 11 novembre 1777
Arend Willem Feith: 12 novembre 1777 - 28 novembre 1779 (4e période)